Imagem 1

Example: RPL12P6, GAPDH, ENSG00000237984

Summary

Gene Name ATXN3
Plot displaying the genomic locations of a parental gene (in chr14) and its retrocopy(ies). Each line represents a retrocopy.
Specie Homo sapiens
Full Name ataxin 3
Also known as AT3|ATX3|JOS|MJD|MJD1|SCA3
Coordinate chr14:92058552-92106582
Strand -
Gene summary Machado-Joseph disease, also known as spinocerebellar ataxia-3, is an autosomal dominant neurologic disorder. The protein encoded by this gene contains (CAG)n repeats in the coding region, and the expansion of these repeats from the normal 12-44 to 52-86 is one cause of Machado-Joseph disease. There is a negative correlation between the age of onset and CAG repeat numbers. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2016]

Retrocopy(s) from ATXN3

Retroname Coord Strand Genomic Region ENSG
ATXN3P1 chr8:110555386-110557093 + Intergenic
ENSG00000253107 UCSC
ATXN3P2 chrX:13319548-13319937 - Intergenic
N/A UCSC

Expression

Transcript Sequences

>NM_001164778.2
gtggggGCCGTTGGCTCCAGACAAATAAACATGGAGTCCATCTTCCACGAGAAACAAGAAGGCTCACTTTGTGCTCAACATTGCCTGAATAACTTATTGCAAGGAGAATATTTTAGCCCTGTGGAATTATCCTCAATTGCACATCAGCTGGATGAGGAGGAGAGGATGAGAATGGCAGAAGGAGGAGTTACTAGTGAAGATTATCGCACGTTTTTACAGCAGCCTTCTGGAAATATGGATGACAGTGGTTTTTTCTCTATTCAGGTTATAAGCAATGCCTTGAAAGTTTGGGGTTTAGAACTAATCCTGTTCAACAGTCCAGAGTATCAGAGGCTCAGGATCGATCCTATAAATGAAAGATCATTTATATGCAATTATAAGGAACACTGGTTTACAGTTAGAAAATTAGGAAAACAGAcagcagcaaaagcagcaacagcagcagcagcagcagcagcagGGGGACCTATCAGGACAGAGTTCACATCCATGTGAAAGGCCAGCCACCAGTTCAGGAGCACTTGGGAGTGATCTAGGTGATGCTATGAGTGAAGAAGACATGCTTCAGGCAGCTGTGACCATGTCTTTAGAAACTGTCAGAAATGATTTGAAAACAGAAGGAAAAAAATAATACCTTTAAAAAATAATTTAGATATTCATACTTTCCAACATTATCCTGTGTGATTACAGCATAGGGTCCACTTTGGTAATGTGTCAAAGAGATGAGGAAATAAGACTTTTAGCGGTTTGCAAACAAAATGATGGGAAAGTGGAACAATGCGTCGGTTGTAGGACTAAATAATGATCTTCCAAATATTAGCCAAAGAGGCATTCAGCAATTAAAGACATTTAAAATAGTTTTCTAAATGTTTCTTTTTCTTTTTTGAGTGTGCAATATGTAACATGTCTAAAGTTAGGGCATTTTTCTTGGATCTTTTTGCAGACTAGCTAATTAGCTCTCGCCTCAGGCTTTTTCCATATAGTTTGTTTTCTTTTTCTGTCTTGTAGGTAAGTTGGCTCACATCATGTAATAGTGGCTTTCATTTCTTATTAACCAAATTAACCTTTCAGGAAAGTATCTCTACTTTCCTGATGTTGATAATAGTAATGGTTCTAGAAGGATGAACAGTTCTCCCTTCAACTGTATACCGTGTGCTCCAGTGTTTTCTTGTGTTGTTTTCTCTGATCACAACTTTTCTGCTACCTGGTTTTCATTATTTTCCCACAATTCTTTTGAAAGATGGTAATCTTTTCTGAGGTTTAGCGTTTTAAGCCCTACGATGGGATCATTATTTCATGACTGGTGCGTTCCTAAACTCTGAAATCAGCCTTGCACAAGTACTTGAGAATAAATGAGCATTTTTTAAAATGTGTGAGCATGTGCTTTCCCAGATGCTTTATGAATGTCTTTTCACTTATATCAAAACCTTACAGCTTTGTTGCAACCCCTTCTTCCTGCGCCTTATTTTTTCCTTTCTTCTCCAATTGAGAAAACTAGGAGAAGCATAGTATGCAGGCAAGTCTCCTTCTGTTAGAAGACTAAACATACGTACCCACCATGAATGTATGATACATGAAATTTGGCCTTCAATTTTAATAGCAGTTTTATTTTATTTTTTCTCCTATGACTGGAGCTTTGTGTTCTCTTTACAGTTGAGTCATGGAATGTAGGTGTCTGCTTCACATCTTTTAGTAGGTATAGCTTGTCAAAGATGGTGATCTGGAACATGAAAATAATTTACTAATGAAAATATGTTTAAATTTATACTGTGATTTGACACTTGCATCATGTTTAGATAGCTTAAGAACAATGGAAGTCACAGTACTTAGTGGATCTATAAATAAGAAAGTCCATAGTTTTGATAAATATTCTCTTTAATTGAGATGTACAGAGAGTTTCTTGCTGGGTCAATAGGATAGTATCATTTTGGTGAAAACCATGTCTCTGAAATTGATGTTTTAGTTTCAGTGTTCCCTATCCCTCATTCTCCATCTCCTTTTGAAGCTCTTTTGAATGTTGAATTGTTCATAAGCTAAAATCCAAGAAATTTCAGCTGACAACTTCGAAAATTATAATATGGTATATTGCCCTCCTGGTGTGTGGCTGCACACATTTTATCAGGGAAAGTTTTTTGATCTAGGATTTATTGCTAACTAACTGAAAAGAGAAGAAAAAATATCTTTTATTTATGATTATAAAATAGCTTTTTCTTCGATATAACAGATTTTTTAAGTCATTATTTTGTGCCAATCAGTTTTCTGAAGTTTCCCTTACACAAAAGGATAGCTTTATTTTAAAATCTAAAGTTTCTTTTAATAGTTAAAAATGTTTCAGAAGAATTATAAAACTTTAAAACTGCAAGGGATGTTGGAGTTTAGTACTACTCCCTCAAGATTTAAAAAGCTAAATATTTTAAGACTGAACATTTATGTTAATTATTACCAGTGTGTTTGTCATATTTTCCATGGATATTTGTTCATTACCTTTTTCCATTGAAAAGTTACATTAAACTTTTCATACACTTGAATTGATGAGCTACCTAATATAAAAATGAGAAAACCAATATGCATTTTAAAGTTTTAACTTTAGAGTTTATAAAGTTCATATATACCCTAGTTAAAGCACTTAAGAAAATATGGCATGTTTGACTTTTAGTTCCTAGAGAGtttttgtttttgtttttgtttttttttgagacggagtcttgctatgtctcccaggctggagggcagtggcatgatctcggctcactacaacttccacctcccgggttcaagcaattctcctgcctcagcctccagagtagctgggattacaggcgcccaccaccacacccggcagatttttgtatttttggtagagacgcggtttcatcatgtttggccaggctggtctcgaactcctgacctcaggtgatccgcctgccttggcctcccaaagtgttgggattacaggcatgagccactgcgcctggccAGCTAGAGAGTTTTTAAAGCAGAGCTGAGCACACACTGGATGCGTTTGAATGTGTTTGTGTAGTTTGTTGTGAAATTGTTACATTTAGCAGGCAGATCCAGAAGCACTAGTGAACTGTCATCTTGGTGGGGTTGGCTTAAATTTAATTGACTGTTTAGATTCCATTTCTTAATTGATTGGCCAGTATGAAAAGATGCCAGTGCAAGTAACCATAGTATCAAAAAAGTTAAAAATTATTCAAAGCTATAGTTTATACATCAGGTACTGCCATTTACTGTAAACCACCTGCAAGAAAGTCAGGAACAACTAAATTCACAAGAACTGTCCTGCTAAGAAGTGTATTAAAGATTTCCATTTTGTTTTACTAATTGGGAACATCTTAATGTTTAATATTTAAACTATTGGTATCATTTTTCTAATGTATAATTTGTATTACTGGGATCAAGTATGTACAGTGGTGATGCTAGTAGAAGTTTAAGCCTTGGAAATACCACTTTCATATTTTCAGATGTCATGGATTTAATGAGTAATTTATGTTTTTAAAATTCAGAATAGTTAATCTCTGATCTAAAACCATCAATCTATGTTTTTTACGGTAATCATGTAAATATTTCAGTAATATAAACTGTTTGAAAAGGCTGCTGCAGGTAAACTCTATACTAGGATCTTGGCCAAATAATTTACAATTCACAGAATATTTTATTTAAGGTGGTGCTTTTTTTTTTTGTCCTTAAAACTTGATTTTTCTTAACTTTATTCATGATGCCAAAGTAAATGAGGAAAAAAACTCAAAACCAGTTGAGTATCATTGCAGACAAAACTACCAGTAGTCCATATTGTTTAATATTAAGTTGAATAAAATAAATTTTATTTCAGTCAGAGCCTAAATCACATTTTGATTGTCTGAATTTTTGATACTATTTTTAAAATCATGCTAGTGGCggctgggcgtggtagctcacgcctgtaatcccagcattttgggaggccgaagtgggtggatcacgaggtcgggagttcgagaccagcttggccaaaatggtgaaaccccatctgtactaaaaactacaaaaattagctgggcgcggtggcaggtgcctgtaatcccagctacctgggagtctgaggcaggagaattgcttgaaccctggcgacagaggatgcagtgagccaagatggtgccactgtactccagactgggcgacagagtgagactctgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaTCATGCTAGTGCCAAGAGCTACTAAATTCTTAAAACCGGCCCATTGGACCTGTACAGATAAAAAATAGATTCAGTGCATAATCAAAATATGATAATTTTAAAATCTTAAGTAGAAAAATAAATCTTGATGTTTTAAATTCTTACGAGGATTCAATAGTTAATATTGATGATCTCCCggctgggtgcagtggctcacgcctgtaatcccagcagttctggaggctgaggtgggcgaatcacttcaggccaggagttcaagaccagtctgggcaacatggtgaaacctcgtttctactaaaaatacaaaaattagccgggcgtggttgcacacacttgtaatcccagctactcaggaggctaagaatcgcatgagcctaggaggcagaggttgcagagtgccaagggctcaccactgcattccagcctgcccaacagagtgagacactgtttctgaaaaaaaaaaatatatatatatatatatatatgtgtgtatatatatatgtatatatatatGACTTCCTATTAAAAACTTTATCCCAgtcgggggcagtggctcacgcctgtaatcccaacactttgggaggctgaggcaggtggatcacctgaagtccggagtttgagaccagcctggccaacatggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaacttaagccaggtatggtggcgggcacctgtaatcccagttacttgggaggctgaggcaggagaatcgtttaaacccaggaggtggaggttgcagtgagctgagatcgtgccattgcactctagcctgggcaacaagagtaaaactccatcttaaaGGTTTGTTTGTTTTTTTTTAATCCGGAAACGAAGAGGCGTTGGGCCGCTATTTTCTTTTTCTttctttctttctttctttttttttttttctgagacggagtctagctctgctgcccaggctggagtacaatgacacgatgttggctcactgcaacctccacctcctgggttcaagcgattctcctgcctcagcctcccaagtacctgggattacaggcacctgccactacacctggcgaatatttgttttttttagtagagacgggcttttaccatgttaggctggtctcaaactcctgacctcaggtgatctgcctgccttggcctcccaaagtgctgggattacaggtgcaggccaccacacccggccTTGGGCCACTGTTTTCAAAGTGAATTGTTTGTTGTATCGAGTCCTTAAGTATGGATATATATGTGACCCTAATTAAGAACTACCAGATTGGATCAACTAATCATGTCAGCAATGTAAATAACTTTATTTTTCATATTCAAAATAAAAACTTTCTTTTATTTCTGGCCCCTTTATAACCAGCATCTTTTTGCTTTAAAAAATGACCTGGCTTTGTATTTTTTTAGTCTTAAACATAATAAAAATATTTTTGTTCTAATTTGCTTTCATGAGTGAAGATTATTGACATCGTTGGTAAATTCTAGAATTTTGATTTTGTTTTTTAATTTGAAGAAAATCTTTGCTATTATTATTTTTTCCAAGTGGTCTGGCATTTTAAGAATTAGTGCTAATAACGTAACTTCTAAATTTGTCGTAATTGGCATGTTTAATAGCATATCAAAAAACATTTTAAGCCTGTGGATTCATAGACAAAGCAATGAGAAACATTAGTAAAATATAAATGGATATTCCTGATGCATTTAGGAAGCTCTCAATTGTCTCTTGCATAGTTCAAGGAATGTTTTCTGAATTTTTTTAATGCTTTTTTTTTTTTTGAAAGAGGAAAACATACATTTTTAAATGTGATTATCTAATTTTTACAACACTGGGCTATTAGGAATAACTTTTTAAAAATTACTGTTCTGTATAAATATTTGAAATTCAAGTACAGAAAATATCTGAAACAAAAAGCATTGTTGTTTGGCCATGATACAAGTGCACTGTGGCAGTGCCGCTTGCTCAGGACCCAGCCCTGCAGCCCTTCTGTGTGTGCTCCCTCGTTAAGTTCATTTGCTGTTATTACACACACAGGCCTTCCTGTCTGGTCGTTAGAAAAGCCGGGCTTCCAAAGCACTGTTGAACACAGGATTCTGTTGTTAGTGTGGATGTTCAATGAGTTGTATTTTAAATATCAAAGATTATTAAATAAAGATAATGTTTGCTTTTCTA