Imagem 1

Example: RPL12P6, GAPDH, ENSG00000237984

Summary

Gene Name DPPA4
Plot displaying the genomic locations of a parental gene (in chr3) and its retrocopy(ies). Each line represents a retrocopy.
Specie Homo sapiens
Full Name developmental pluripotency associated 4
Also known as 2410091M23Rik
Coordinate chr3:109326141-109339635
Strand -
Gene summary This gene encodes a nuclear factor that is involved in the maintenance of pluripotency in stem cells and essential for embryogenesis. The encoded protein has a scaffold-attachment factor A/B, acinus and PIAS (SAP) domain that binds DNA and is thought to modify chromatin. Mice with a homozygous knockout of the orthologous gene die during late embryonic development or within hours after birth. Knockout embryos are normal in size at embryonic day 18.5 but exhibit skeletal and lung tissue abnormalities. This gene, when mutated, is highly expressed in embryonal carcinomas, pluripotent germ cell tumors, and other cancers and is thought to play an important role in tumor progression. Multiple pseudogenes of this gene have been identified. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Feb 2017]

Retrocopy(s) from DPPA4

Retroname Coord Strand Genomic Region ENSG
DPPA4P4 chr11:73989840-73991839 - Intergenic
ENSG00000256189 UCSC
DPPA4P5 chr13:31223765-31223925 + Intragenic
N/A UCSC
DPPA4P1 chr3:66326247-66327084 + Intragenic
N/A UCSC
DPPA4P2 chr3:134510488-134511250 - Intragenic
ENSG00000249691 UCSC
DPPA4P3 chr4:10184805-10185029 - Intergenic
N/A UCSC

Expression

Transcript Sequences

>NM_001348928.2
ATGTTGCGAGGCTCCGCTTCTTCTACAAGTATGGAGAAGGCAAAAGGCAAGGAGGAACATCAGCAAAGAGAACCAAAGAAAAAATGTCTATCAAAGGCAGTAAAGTGCTCTGCCCTAAGAAAAAGGCAGAGCACACTGACAACCCCAGACCTCAGAAGAAGATACCAATCCCTCCATTACCTTCTAAACTGCCACCTGTTAATCTGATTCACCGGGACATTCTGCGGGCCTGGTGCCAACAATTGAAGCTGAGCTCCAAAGGCCAGAAATTGGATGCATATAAGCGCCTGTGTGCCTTTGCCTACCCAAATCAAAAGGATTTTCCTAGCACAGCAAAAGAGGCCAAAATCCGGAAATCATTGCAAAAAAAATTAAAGGTGGAAAAGGGGGAAACGTCCCTGCAAAGTTCTGAGACACATCCTCCTGAAGTGGCTCTTCCTCCTGTGGGGGAGCCGCCTGCCCTGGAAAATTCCACTGCTCTCCTTGAGGGAGTTAATACAGTTGTGGTGACAACTTCTGCCCCAGAGGCTTTGCTGGCCTCCTGGGCGAGAATTTCAGCCAGGGCGAGGACACCAGAGGCAGTGGAATCTCCACAAGAGGCCTCTGGTGTCAGGTGGTGTGTGGTCCATGGGAAAAGTCTCCCTGCAGACACAGATGGTTGGGTTCACCTGCAGTTTCATGCTGGTCAAGCCTGGGTTCCAGAAAAGCAAGAAGGGAGAGTGAGTGCACTCTTCTTGCTTCCTGCCTCCAATTTTCCACCCCCGCACCTTGAAGACAATATGTTGTGCCCCAAATGTGTTCACAGGAACAAGGTCTTAATAAAAAGCCTCCAATGGGAATAGAATATCAGGAAAAAGGCCACATCTATGGTAATTAATGGCAGAAAAGCTGGAGAGTTGGATTCTGCGGTGCTGCTGACAGGTGAACTCTGGTCCTCTGCACCTGTTTATGGGCCATGCAGACTGGTGGGGTGGCAGATGTTAGCCTAAGACCCCTAGCAGTGCCTGTTGCTTTGTGAGTGGAGATAGAGACTCTTACATTTAAAAATGGAAAAACATTTCACAAATTACCATAAATTGTAGTTAATATGTAGAAAAACTCATTCATACTACTTTTCTAAAATAGACATGACTTCAGCAGCAGCttttttttgttgtattttgagacagtgtctcactgttgcccaggctggagtgcagtggtgcaatctcagttcagtgcaatctccgcctcctgggttcaaatgattctcctgcctcagcctcctgagtagctaggtacaggcacctgccaccacacccagctaattttttgtatttttagtagagatggggtttcaccatgttggccaggttggtctcaaactcctggactcaagtgatcaccctcctcagcctcccaaaatgctgggactatgggcatgagcccctgcgcctgaccTTCAACAGCTCTTTTAAGTGAGTTCTTCAGCTAAGCATTGTGATGGACTTGAGTAAAATGGTAGTTGGCTCTTGTGCTCAATTTTCTCTTCCTCTGAACACTGACTACTTTAGGAGCTGCTTCATTCCAATTGCAATTTCATAAAACGTAAAGTATTTTAAGGCAAAGAAAGGCTGTTAATTCCCTCCCTCCCCCAAACACATGATTTTTAATATTCTAAACAATATTTTTCAAAGTTCTCTTAATAACCTGAGATTTCTATGGTTTGACTCCAGGATCAAAACACAAGGGACTTTGTATTATTTCACTTATAATTGTTTTGTATATTTCTGGAGTTTAAAATGTTTAAGGTTGCTTCCCGCTCATAAATACATAATATATTGAATTTAAAATGTGTTTATTAACCGATTCTCCATAAATAAAAATAAGATGTGTATGTAAAATAATTCATCTGTTGTATTTAGAGAACCATATTCATTGCATGCAAATTTTATTGTTAGTGTTCTTAACTCAAGTAGGAGTAAACCAAAAAGTGTGATTTTTCTTTTGTATGACTCGTTTGTTCTTTATTAGTTGGTGGTATGGGTTGGATCATTTGtttttaaaactacttaggtatgattcacatacaaaaagctgcacatatttaatgtatcctattGTGTAATTAATTTTTAATTTTTTTGTGTACTTCCTAAACTTATAGTCCTGCGAGTCTGGGAACAGATCTGTTTTTCACTTATCCTGATTTAATGACAGTTTCCAACATTGTTTTGTTATTACAAGTAGGGGATCTTTTTTTTTGCCCGTTTAATGAAGATACTAAAAATAATGCACtggaaggagtggaagagttggaaaatttgtaaccatcataatacaggtgtaataggtttgggaaagaatcctcaaaaatgttaaagcaagggaggaaagtttgttgagaagcaagatgttCTTCTCTCCTGCCCGCCCCCGCCGTTGGTTGTTGGTGGTCAGAATTATTGTGTAATAAATAATAGAcattttttcttatactatgtgtattgttccttttgtttcctttttaaacttctcccctgctttatttggatgggtcaagtttctgttctgtttccttcctttctattaatttggaaatgtccttggctttacgattctgcttgtagatacttcccctgcttctaacacatttcaataaacttaaatttctctatatacaaaataaattaataattggagtcta
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