Imagem 1

Example: RPL12P6, GAPDH, ENSG00000237984

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Summary

Gene Name FXN
Plot displaying the genomic locations of a parental gene (in chr9) and its retrocopy(ies). Each line represents a retrocopy.
Specie Homo sapiens
Full Name frataxin
Also known as CyaY|FA|FARR|FRDA|X25
Coordinate chr9:69035752-69079076
Strand +
Gene summary This nuclear gene encodes a mitochondrial protein which belongs to the FRATAXIN family. The protein functions in regulating mitochondrial iron transport and respiration. The expansion of intronic trinucleotide repeat GAA from 8-33 repeats to >90 repeats results in Friedreich ataxia. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2016]

Retrocopy(s) from FXN

Retroname Coord Strand Genomic Region ENSG
FXNP1 chr14:78059599-78060278 - Intragenic
 ENSG00000258421 UCSC
FXNP3 chr3:27525093-27525389 + Intergenic
 ENSG00000232167 UCSC
FXNP2 chr9:124966644-124968747 - Intragenic
 ENSG00000177736 UCSC

Expression

Transcript Sequences

>NM_000144.5
AGGGCGGAGCGGGCGGCAGACCCGGAGCAGCATGTGGACTCTCGGGCGCCGCGCAGTAGCCGGCCTCCTGGCGTCacccagcccagcccaggcccagaccctcacccGGGTCCCGCGGCCGGCAGAGTTGGCCCCACTCTGCGGCCGCCGTGGCCTGCGCACCGACATCGATGCGACCTGCACGCCCCGCCGCGCAAGTTCGAACCAACGTGGCCTCAACCAGATTTGGAATGTCAAAAAGCAGAGTGTCTATTTGATGAATTTGAGGAAATCTGGAACTTTGGGCCACCCAGGCTCTCTAGATGAGACCACCTATGAAAGACTAGCAGAGGAAACGCTGGACTCTTTAGCAGAGTTTTTTGAAGACCTTGCAGACAAGCCATACACGTTTGAGGACTATGATGTCTCCTTTGGGAGTGGTGTCTTAACTGTCAAACTGGGTGGAGATCTAGGAACCTATGTGATCAACAAGCAGACGCCAAACAAGCAAATCTGGCTATCTTCTCCATCCAGTGGACCTAAGCGTTATGACTGGACTGGGAAAAACTGGGTGTACTCCCACGACGGCGTGTCCCTCCATGAGCTGCTGGCCGCAGAGCTCACTAAAGCCTTAAAAACCAAACTGGACTTGTCTTCCTTGGCCTATTCCGGAAAAGATGCTTGATGCCCAGCCCCGTTTTAAGGACATTAAAAGCTATCAGGCCAAGACCCCAGCTTCATTATGCAGCTGAGGTCtgttttttgttgttgttgttgtttattttttttattcctgcttttgAGGACAGTTGGGCTATGTGTCACAGCTCTGTAGAAAGAATGTGTTGCCTCCTACCTTGCCCCCAAGTTCTGATTTTTAATTTCTATGGAAGATTTTTTGGATTGTCGGATTTCCTCCCTCACATGATACCCCTTATCTTTTATAATGTCTTATGCCTATACCTGAATATAACAACCTTTAAAAAAGCAAAATAATAAGAAGGAAAAATTCCAGGAGGGAAAATGAATTGTCTTCACTCTTCATTCTTTGAAGGATTTACTGCAAGAAGTACATGAAGAGCAGCTGGTCAACCTGCTCACTGTTCTATCTCCAAATGAGACACATTAAAGGGTAGCCTACAAATGTTTTCAGGCTTCTTTCAAAGTGTAAGCACTTCTGAGCTCTTTAGCATTGAAGTGTCGAAAGCAACTCACACGGGAAGATCATTTCTTATTTGTGCTCTGTGACTGCCAAGGTGTGGCCTGCACTGGGTTGTCCAGGGAGACCTAGTGCTGTTTCTCCCACATATTCACATACGTGTCTGTGTGTATATATATTTTTTCAATTTAAAGGTTAGTATGGAATCAGCTGCTACAAGAATGCAAAAAATCTTCCAAAGACAAGAAAAGAGGAAAAAAAGCCGTTTTCATGAGCTGAGTGATGTAGCGTAACAAACAAAATCATGGAGCTGAGGAGGTGCCTTGTAAACATGAAGGGGCAGATAAAGGAAGGAGATACTCATGTTGATAAAGAgagccctggtcctagacatagttcagccacaaagtagttgtccctttgtggacaagtttcccaaattccctggacctctgcttccccatctgttaaatgagagaatAGAGTATGGTTGATTCCCAGCATTCAGTGGTCCTGTCAAGCAACCTAACAGGCTAGTTCTAATTCCCTATTGGGTAGATGAGGGGATGACAAAGAACAGTTTTTAAGCTATATAGGAAACATTGTTATTGGTGTTGCCCTATCGTGATTTCAGTTGAATTCATGTGAAAATAATAGCCATCCTTggcctggcgcggtggctcacacctgtaatcccagcacttttggaggccaaggtgggtggatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctggccaacatgatgaaaccccgtctctactaaaaatacaaaaaattagccgggcatgatggcaggtgcctgtaatcccagctacttgggaggctgaagcggaagaatcgcttgaacccagaggtggaggttgcagtgagccgagatcgtgccattgcactgtaacctgggtgactgagcaaaactctgtctcaaaataataataacaatataataataataataGCCATCCTTTATTGTACCCTTACTGGGTTAATCGTATTATACCACATTACCTCATTTTAATTTTTACTGACCTGCACTTTATACAAAGCAACAAGCCTCCAGGACATTAAAATTCATGCAAAGTTATGCTCATGTTATATTATTTTCTTACTTAAAGAAGGATTTATTAGTGgctgggcatggtggcgtgcacctgtaatcccaggtactcaggaggctgagacgggagaattgcttgaccccaggcggaggaggttacagtgagtcgagatcgtacctgagcgacagagcgagactccgtctcaaaaaaaaaaaaaaGGAGGGTTTATTAATGAGAAGTTTGTATTAATATGTAGCAAAGGCTTTTCCAATGGGTGAATAAAAACACATTCCATTAAGTCAAgctgggagcagtggcatatacctatagtcccagctgcacaggaggctgagacaggaggattgcttgaagccaggaattggagatcagcctgggcaacacagcaagatcctatctcttaaaaaaagaaaaaaaAACCTATTAATAATAAAACAGTATAAACAAAAGCTAAATAGGTAAAATATTTTTTCTGAAATAAAATTATTTTTTGAGTCTGATGGAAATGTTTAAGTGCAGTAGGCCAGTGCCAGTGAGAAAATAAATAACATCATACATGTTTGTATGTGTTTGCATCTTGCTTCTACTGAAAGTTTCAGTGcaccccacttacttagaactcggtgacatgatgtactcctttatctgggacacagcacaaaagaggtatgcagtggggctgctctgacatgaaagtggaagttaaggaatctgggctcttatggggtccttgtgggccagcccttcaggcctattttactttcattttacatatagctctaattggtttgattatctcgttcccaagGCAGTGGGAGATCCCCATTTAAGGAAAGAAAAGGggcctggcacagtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggcaagtgtatcacctgaggtcaggagttcaagaccagcctggccaacatggcaaaatcccgtctctactaaaaatattaaaaaattggctgggcgtggtggttcgtgcctataatttcagctactcaggaggctgaggcaggagaatcgctgtaacctggggggtggaggttgcagtgagacgagatcatgccacttcactccagcctggccaacagagccatactccgtctcaaataaataaataaataaataaaGGGACTTCAAACACATGAACAGCAGCCAGGGGAAGAATCAAAATCATATTCTGTCAAGCAAACTGGAAAAGTACCACTGTGTGTACCAATAGCCTCCCCACCACAGACCCTGGGAGCATCGCCTCATTTATGGTGTGGTCCAGTCATCCATGTGAAGGATGAGTTTCCAGGAAAAGGTTATTAAATATTCACTGTAACATACTGGAGGAGGTGAGGAATTGCATAATACAATCTTAGAAAACttttttttcccctttctattttttgagacaggatctcactttggcactcaggctggaggacagtggtacaatcaaagctcatggcagcctcgacctccctgggcttgggcaatcctcccacaggtgtgcacctccatagctggctaatttgtgtattttttgtagagatggggtttcaccatgttgcccaggctggtctctaacacttaggctcaagtgatccacctgcctcgtcctcccaagatgctgggattacaggtgtgtgccacAGGTGTTCATCAGAAAGCTTTTTCTATTATTTTTACCTTCTTGAGTGGGTAGAACCTCAGCCACATAGAAAATAAAATGTTCTGGCATGACTTATTTAGCTCTCTGGAATTAcaaagaaggaatgaggtgtgtaaaagagaacctgggtttttgaatcacaaatttagaatttaatcgaaactctgcctcttacttgtttgtagacactgacagtggcctcatgttttttttttttttaatctataaaatggagataTCTAACATGTTGAGCCTGGGCCCACAGGCAAAGCACAATCCTGATGTGAGAAGTACTCAGTTCATGACAACTGTTGTTCTCACATGCATAGCATAATTTCATATTCACATTGGAGGACTTCTCCCAAAATATGGATGACGTTCCCTACTCAACCTTGAACTTAATCAAAATACTCAGTTTACTTAACTTCGTATTAGATTCTGATTCCCTGGAACCATTTATCGTGTGCCTTACCATGCTTATATTTTACTTGATCTTTTGCATACCTTCTAAAACTATTTTAGCCAATTTAAAATTTGACAGTTTGCATTAAATTATAGGTTTACAATATGCTTTATCCAGCTATACCTGCCCCAAATTCTGACAGATGCTTTTGCCACCTCTAAAGGAAGACCCATGTTCATAGTGATGGAGTTTGTGTGGACTAACCATGCAAGGTTGCCAAGGAAAAATCGCTTTACGCTTCCAAGGTACACACTAAGATGAAAGTAATTTTAGTCCGTGTCCAGTTGGATTCTTGGCACATAGTTATCTTCTGCTAGAACAAACTAAAACAGCTACATGCCAGCAAGGGAGAAAGGGGAAGGAGGGGCAAAGTTTTGAAATTTCATGTAAATTTATGCTGTTCAAAACGACGAGTTCATGACTTTGTGTATAGAGTAAGAAATGCCttttcttttttgagacagagtcttgctctgtcacccaggctggagtgcagtggcacgatctgggctcactacaacctccgcctcctgggttcaagcaattctctgcctcagcctcccgagtagctgggattacaggtgcctgccaccacacccggctaatttttgtatttttagtag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>NM_181425.3
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