RCPedia: Rtcs

Summary

Retrocopy Name	HNRNPRP1	Plot displaying the genomic locations of a retrocopy (in chr10) and its respective parental gene (in chr1). Each line represents a retrocopy.
Species	Homo sapiens
Coordinates (hg38)	chr10:21623926-21626356 UCSC
Coordinates (T2T)	chr10:21643052-21645484 UCSC
Coordinates (hg19)	chr10:21912855-21915285 UCSC
Strand	-
Parental Sequence	NM_001297621.2_2
Parental seq. overlap	2117 bp
Parental seq. overlap (%)	27.9%
Genomic Region	Intergenic
Retrocopy Summary	HNRNPRP1, located on chr10:21623926-21626356, is a retrocopy of the parental gene HNRNPR. Retrocopies of protein-coding genes, also known as processed pseudogenes, are intriguing genomic elements with implications in genome evolution and diseases. While some retrocopies are non-functional, there are examples of retrocopies (retrogenes) acquiring regulatory roles or exhibiting neofunctionalization unrelated to their parental genes.

Parental Gene

Gene Name	HNRNPR
Full Name	heterogeneous nuclear ribonucleoprotein R
Also known as	HNRPR\|NEDDFSB\|hnRNP-R
Coordinate	chr1:23304688-23344316
Strand	-
Gene summary	This gene encodes an RNA-binding protein that is a member of the spliceosome C complex, which functions in pre-mRNA processing and transport. The encoded protein also promotes transcription at the c-fos gene. Alternative splicing results in multiple transcript variants. There are pseudogenes for this gene on chromosomes 4, 11, and 10. [provided by RefSeq, Jul 2014]

Homology

Species	Scientific Name	Retrocopy
Chimpanzee	Pan troglodytes	HNRNPRP1
Bonobo	Pan paniscus	HNRNPRP1
Gorilla	Gorilla gorilla	HNRNPRP1
Orangutan	Pongo abelii	HNRNPRP1
Gibbon	Nomascus leucogenys	HNRNPRP1
Green monkey	Chlorocebus sabaeus	HNRNPRP1
Crab-eating macaque	Macaca fascicularis	HNRNPRP1
Rhesus	Macaca mulatta	HNRNPRP1
Baboon	Papio anubis	HNRNPRP1
Golden snub-nosed monkey	Rhinopithecus roxellana	HNRNPRP1
Marmoset	Callithrix jacchus	HNRNPRP2
Mouse lemur	Microcebus murinus	Without Homology
Mouse	Mus musculus	Without Homology
Rat	Rattus norvegicus	Without Homology
Chinese hamster	Cricetulus griseus	Without Homology
Rabbit	Oryctolagus cuniculus	Without Homology
Pig	Sus scrofa	Without Homology
Cow	Bos taurus	Without Homology
Sheep	Ovis aries	Without Homology
Dolphin	Tursiops truncatus	Without Homology
Horse	Equus caballus	Without Homology
Dog	Canis familiaris	Without Homology
Panda	Ailuropoda melanoleuca	Without Homology
Cat	Felis catus	Without Homology
Pale spear-nosed bat	Phyllostomus discolor	Without Homology
Velvety free-tailed bat	Molossus molossus	Without Homology
Greater mouse-eared bat	Myotis myotis	Without Homology
Kuhl's pipistrelle	Pipistrellus kuhlii	Without Homology
Greater horseshoe bat	Rhinolophus ferrumequinum	Without Homology
Egyptian rousette	Rousettus aegyptiacus	Without Homology
Sloth	Choloepus didactylus	Without Homology
Tasmanian Devil	Sarcophilus harrisii	Without Homology
Opossum	Monodelphis domestica	Without Homology
Platypus	Ornithorhynchus anatinus	Without Homology
Chicken	Gallus gallus	Without Homology
Turkey	Meleagris gallopavo	Without Homology
Zebra Finch	Taeniopygia guttata	Without Homology
Budgerigar	Melopsittacus undulatus	Without Homology
Painted Turtle	Chrysemys picta	Without Homology
Lizard	Anolis Carolinensis	Without Homology
Frog	Xenopus tropicalis	Without Homology
Zebrafish	Danio rerio	Without Homology
Drosophila	Drosophila melanogaster	Without Homology

Expression

Related Sequence

>HNRNPRP1
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>NM_001297621.2_2
GCCATTTCTAGTCGTTTTCAAAGCGCCTCGCGCTGATTCTCACGGGCCCGGCTGCCGGCCCCCGCTCTGCCCTGGATTGGTAGCTTATGTCGATCTTGATGAAAGAGCAATTGATGCTCTCAGGGAATTTAATGAAGAAGGAGCTCTGTCTGTACTACAGCAGTTCAAGGAAAGTGACTTATCACATGTTCAGAACAAAAGTGCATTTTTATGTGGAGTTATGAAGACCTACAGGCAGAGAGAGAAACAGGGGAGCAAGGTGCAAGAGTCCACAAAGGGACCTGATGAAGCGAAGATCAAGGCCTTGCTTGAGAGAACTGGTTATACTCTGGATGTAACCACAGGACAGAGGAAGTATGGTGGTCCTCCACCAGACAGTGTGTACTCTGGCGTGCAACCTGGAATTGGAACGGAGTGTGACAGCTATGAAATTCGCCCTGGTAAACACCTTGGAGTGTGCATTTCTGTGGCAAACAACAGACTTTTTGTTGGATCCATTCCGAAGAATAAGACTAAAGAAAACATTTTGGAAGAATTCAGTAAAGTCACAGAGGGTTTGGTGGACGTTATTCTCTATCATCAACCCGATGACAAAAAGAAGAATCGGGGGTTCTGCTTCCTTGAATATGAGGATCACAAGTCAGCAGCACAAGCCAGACGCCGGCTGATGAGTGGAAAAGTAAAAGTGTGGGGAAATGTAGTTACAGTTGAATGGGCTGACCCTGTGGAAGAACCAGATCCAGAAGTCATGGCTAAGGTAAAAGTTTTGTTTGTGAGAAACTTGGCTACTACGGTGACAGAAGAAATATTGGAAAAGTCATTTTCTGAATTTGGAAAACTCGAAAGAGTAAAGAAGTTGAAAGATTATGCATTTGTTCATTTTGAAGACAGAGGAGCAGCTGTTAAGGCTATGGATGAAATGAATGGCAAAGAAATAGAAGGGGAAGAAATTGAAATAGTCTTAGCCAAGCCACCAGACAAGAAAAGGAAAGAGCGCCAAGCTGCTAGACAGGCCTCCAGAAGCACTGCGTATGAAGATTATTACTACCACCCTCCTCCTCGCATGCCACCTCCAATTAGAGGTCGGGGTCGTGGTGGGGGGAGAGGTGGATATGGCTACCCTCCAGATTACTACGGCTATGAAGATTACTATGATGATTACTATGGTTATGATTATCACGACTATCGTGGAGGCTATGAAGATCCCTACTACGGCTATGATGATGGCTATGCAGTAAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGGGGAGGGCGAGGTGCTCCACCACCACCAAGGGGGAGGGGAGCACCACCTCCAAGAGGTAGAGCTGGCTATTCACAGAGGGGGGCACCTTTGGGACCACCAAGAGGCTCTAGGGGTGGCAGAGGGGGTCCTGCTCAACAGCAGAGAGGCCGTGGTTCCCGTGGATCTCGGGGCAATCGTGGGGGCAATGTAGGAGGCAAGAGAAAGGCAGATGGGTACAACCAGCCTGATTCCAAGCGTCGTCAGACCAACAACCAACAGAACTGGGGTTCCCAACCCATCGCTCAGCAGCCGCTTCAGCAAGGTGGTGACTATTCTGGTAACTATGGTTACAATAATGACAACCAGGAATTTTATCAGGATACTTATGGGCAACAGTGGAAGTAGACAAGTAAGGGCTTGAAAATGATACTGGCAAGATACGATTGGCTCTAGATCTACATTCTTCAAAAAAAAAAATTGGCTTAACTGTTTCATCTTTAAGTAGCATTTTGCTGCCATTTGTATTGGGCTGAAGAAATCACTATTGTGTATATACTCAAGTCTTTTTATTTTTCCTCTTTTCATAAATGCTCTTGGACATTATTGGGCTTGCAGAGTTCCCTTATTCTGGGGATTACAATGCTTTTATCGTTTCAGGCTTCATTTTAGCTTCAAAACAAGCTGGGCACACTGTTAAATCATGATTTTGCAGAACCTTTGGTTTTGGACAGTTTCATTTTTTTGGATTTGGGATAGATTACATAGGAGTATGGAGTATGCTGTAAATAAAAATACAAGCTAGTGCTTTGTCTTAGTAGTTTTAAGAAATTAAAGCAAACAAATTTAAGTTTTCTTGTATTGAAAATAACCTATGATTGTATGTTTTGCATTCCTAGAAGTAGGTTAACTGTGTTTTTAAATTGTTATAACTTCACACCTTTTTGAAATCTGCCCTACAAAATTTGTTTGGCTTAAACGTCAAAAGCCGTGACAATTTGTTCTTTGATGTGATTGTATTTCCAATTTCTTGTTCATGTAAGATTTCAATAAAACTAAAAAATCTATTCAAAACATTACCTATTTCAAATTCAATTGTGTCCTAAAACATTATTTTATTCGTAATCCTTGCAAGGAATATTGTTTTCAAAGTATAACTGCCTATGTGAGTGATCAAATTCATGCAAAATTTCTTGTTTATTCCAACATGTGTTGTGGATATTAGACTGAGGATTAGTCTAAATTCAAGTATTTATTCCAATTAGCACTTTCATTGATTGGTGTTCTCTCATAGTCTCTTCTAATTTTGAAATTTTATCTTTTATTAAAAAAAAAAAAACAGGTTCATAGACTTTTGAGCATTCTTGCAGGCATTGGATAATTTGCATTAAAACAAATAAAATGTGGCTGGGAAAGCAGACTGCAATTTATTTTGACCCACATTCTTTATAAGGGATAATTTGTGACTGAAGACCTTATTTGCTGGATAAGTGAATGTACATACAGGGAAAATTGTTAGTACTGTGGCGTCAATTGCACTGCGGACTTTAGTTTTAGTGAAAATGATCGTGACTACCATTTCAGTTACTGGTTTAGGAATATAATTTCCTATTACTATGTAAATTTGCTTTGAGAAACATTCATGCCTTGTAAGAGAGGCTTAAAAATATCCAGTAGTAATACCTTTGACTTTCTGTTAACACTTCGTTTATTTTTATTTATCTGCTATCCCTGATGCCCAAATTTTTTGTTGGCCAAGACATAACATCTATTTCCCTATTTCCTTTAGAAATTCTGATTTATTCTAATGACTTTTTTGCTTGAGAATGAGAGGAACAAAAGAATCTAAGCTTTACGGTACAGAAAAGTGAATCACTTTCAAATTACTATTAAGTTTTCCCCTCCATCTTATTCTTACGTGGTTCTCAAATGTTTTTATAATGATAAAAATATCAGAAGCCATTGGGGAATAATTAAAATGGATACACCATTATTCTGTGTTTTGTTCCTGTTTGGTGTCTTTGTGATAGGAATATTAGATTTCAAAATCATAAGCCACTTAATTCCGTGTAATCTTGGCTAGATCATATTGGGTTTCATGGCTTCTTTTCATTTCAATTTAAGATTACTATTTACTGATGAAAGTCAATATATTTCATTTCTTTTTCAAAGTACACTCATTACACAGTATAGTCATTTAACAGACCTTATTGATATTTTAGTTTTTTGGAAACTGATAAAGGAATTATGGTCTGTTGTATGATAGTTTTGAGTTAACATGGGTATTTCTTTGGTAAGACAGATCCAGTTGTTTTTCTTATGCCCATGTATGCAAGTAAAGACACCAAACATTCTTTAAATGCTGCTTTTAAACTTTGAAAGTACAATTTGAAGTTGTAACTATACATCTAATTAGACTTAAGTAAAACCCTGATTTTTTTCCTGGAAAGAACAAAATCTACAAATAAAATTTGAGTTGTTTGTATTTCTTAATTAGGTGTTACAAGCTACAAAGTTGTCATAAAGAATGCTAAGAATGGGGATAGAAATGATTCTGAGAAAACAAACCCTCGCAAAAACATAAGATTAAAACTTGGGTTCCATGTCAAAATCCTTTCCTTTAATTGCAAATTATATTTTGAATTTTAAAGTGGCCACCTCCTCCTCTGTCCTTTTCACTAATTAAAAATATATTTGCAGAGGTACCCTCTAATATTTGGTTTATAGGTTTTGTGGCTATTTTAAATTGTAAAGCATAATCCTATAAACATTAAAACTCAAGAGCTTTTCTTCTTTCATGTCTTGTAAATTAACACTGTAGCAGCATTCAGAGAAAATAGATTCAGAGCTCAACTTTTCACATAAATAAATCTAACAGTGTAATATATAAACCTGAAAAATGTCAGTTGAGGGAGGTCTTTATTCTAGATTGGCATTTTTTTTTTTTTAAATTAGGTACAAATTATGAGTGTAAGGAATTTGGTTTCCTGCTCTCCTGTCTTTCCATCTTTTTTGTTCCCCAAGCTAATTGATTTGGCTTTATTTATGAGCCTGTTACAGTAAAGTGTGTGTTGGGAAATATATTGAGGTATAGAGCTATTCTTTGTAGGTACCCTGGTGAGACCGATACAAATATGCCCCTCCCCATAATGGAATACTAATTTTTATTTGATCACTCATTTATAGCAGTTGCTTAAATGTATGTATTTATATGAAGGTATTTTAATTTTTAAGAGCAAAAAAGTTCTAATAAGTTGCCAGATTTCTAATAAATGCAGGTTTATTTGGTGAAAAGATAAGGAAAATGAGTTATGATTCTGTAGTTTTTTTAAAATGAGTTCAGCATAATTGTTTTTCAGGTTTTTTTAGTTACTGGGGTTATTCTGCATAAGAAAGCCCAATGCTTTCTGATAGTAGGAGATAATTTTTCTCTCTTTTGACTTTGAAATCTGACTTAGGAGATGAATTCTTTTTAAAAAGGTCAGCATGCAAAAAAATAAATTATATATTTTAAATTCTAAAAGAGAAGGGACATAAAATTTCACTCCTAGCATAAAGCCATATAATATTATTCTTGAAACTCATTACATCATTTGCCTCCTGCCCATTTGAATATAATCATACCTACGTTTTATTAATTGTGCATTTGTAAAACCAAACCCTTCCAGTAAATACTTGCTATAAGGCTATTGCTTGTCAATTATCAAGGCTTCTAAATATGTTAAAACTTGTCATTTTGATTTTTCAAAGATAATTTTATTATACT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