RCPedia: Rtcs

Summary

Retrocopy Name	SOD2P1	Plot displaying the genomic locations of a retrocopy (in chr1) and its respective parental gene (in chr6). Each line represents a retrocopy.
Species	Homo sapiens
Coordinates (hg38)	chr1:103100321-103100544 UCSC
Coordinates (T2T)	chr1:102949207-102949430 UCSC
Coordinates (hg19)	chr1:103565877-103566100 UCSC
Strand	-
Parental Sequence	NM_001322819.2
Parental seq. overlap	180 bp
Parental seq. overlap (%)	1.3%
Genomic Region	Intragenic (COL11A1)
Retrocopy Summary	SOD2P1, located on chr1:103100321-103100544, is a retrocopy of the parental gene SOD2. Retrocopies of protein-coding genes, also known as processed pseudogenes, are intriguing genomic elements with implications in genome evolution and diseases. While some retrocopies are non-functional, there are examples of retrocopies (retrogenes) acquiring regulatory roles or exhibiting neofunctionalization unrelated to their parental genes.

Parental Gene

Gene Name	SOD2
Full Name	superoxide dismutase 2
Also known as	GC1\|GClnc1\|IPO-B\|IPOB\|MNSOD\|MVCD6\|Mn-SOD
Coordinate	chr6:159669069-159762281
Strand	-
Gene summary	This gene is a member of the iron/manganese superoxide dismutase family. It encodes a mitochondrial protein that forms a homotetramer and binds one manganese ion per subunit. This protein binds to the superoxide byproducts of oxidative phosphorylation and converts them to hydrogen peroxide and diatomic oxygen. Mutations in this gene have been associated with idiopathic cardiomyopathy (IDC), premature aging, sporadic motor neuron disease, and cancer. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. A related pseudogene has been identified on chromosome 1. [provided by RefSeq, Apr 2016]

Homology

Species	Scientific Name	Retrocopy
Chimpanzee	Pan troglodytes	SOD2P1
Bonobo	Pan paniscus	SOD2P1
Gorilla	Gorilla gorilla	SOD2P1
Gibbon	Nomascus leucogenys	SOD2P1
Green monkey	Chlorocebus sabaeus	SOD2P1
Crab-eating macaque	Macaca fascicularis	SOD2P1
Rhesus	Macaca mulatta	SOD2P1
Baboon	Papio anubis	SOD2P1
Marmoset	Callithrix jacchus	SOD2P1
Mouse lemur	Microcebus murinus	SOD2P2
Dog	Canis familiaris	SOD2P1
Panda	Ailuropoda melanoleuca	SOD2P1
Cat	Felis catus	SOD2P1
Greater horseshoe bat	Rhinolophus ferrumequinum	SOD2P2
Orangutan	Pongo abelii	Without Homology
Golden snub-nosed monkey	Rhinopithecus roxellana	Without Homology
Mouse	Mus musculus	Without Homology
Rat	Rattus norvegicus	Without Homology
Chinese hamster	Cricetulus griseus	Without Homology
Rabbit	Oryctolagus cuniculus	Without Homology
Pig	Sus scrofa	Without Homology
Cow	Bos taurus	Without Homology
Sheep	Ovis aries	Without Homology
Dolphin	Tursiops truncatus	Without Homology
Horse	Equus caballus	Without Homology
Pale spear-nosed bat	Phyllostomus discolor	Without Homology
Velvety free-tailed bat	Molossus molossus	Without Homology
Greater mouse-eared bat	Myotis myotis	Without Homology
Kuhl's pipistrelle	Pipistrellus kuhlii	Without Homology
Egyptian rousette	Rousettus aegyptiacus	Without Homology
Sloth	Choloepus didactylus	Without Homology
Tasmanian Devil	Sarcophilus harrisii	Without Homology
Opossum	Monodelphis domestica	Without Homology
Platypus	Ornithorhynchus anatinus	Without Homology
Chicken	Gallus gallus	Without Homology
Turkey	Meleagris gallopavo	Without Homology
Zebra Finch	Taeniopygia guttata	Without Homology
Budgerigar	Melopsittacus undulatus	Without Homology
Painted Turtle	Chrysemys picta	Without Homology
Lizard	Anolis Carolinensis	Without Homology
Frog	Xenopus tropicalis	Without Homology
Zebrafish	Danio rerio	Without Homology
Drosophila	Drosophila melanogaster	Without Homology

Expression

Related Sequence

>SOD2P1
CCAGATAGCTCTTCAGCCTGCACTTAAGTTCAGTGGTAGAGACCATATTACTCTTACCATTTTATGGACAAACCTCAGCCTCAGTGGTAGTGGAGGATTGAAAGGGGAGTTTCTGGGAGCCATCAAATATTAGTTTTGTTCCTTTGATTAACTTAAGGAGAAGCTGACAGATGTATCTGTTAGTATTCAAAGTTCCAGTTGTGGTTGGCTTGGTTTCATTAAGT

>NM_001322819.2
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