RCPedia: Rtcs

Summary

Retrocopy Name	RGS17P1	Plot displaying the genomic locations of a retrocopy (in chr13) and its respective parental gene (in chr6). Each line represents a retrocopy.
Species	Homo sapiens
Coordinates (hg38)	chr13:40989563-40993478 UCSC
Coordinates (T2T)	chr13:40208722-40212642 UCSC
Coordinates (hg19)	chr13:41563699-41567614 UCSC
Strand	-
Parental Sequence	NM_012419.5
Parental seq. overlap	1984 bp
Parental seq. overlap (%)	23.7%
Genomic Region	Intragenic (ELF1) Intragenic (ELOF1)
Retrocopy Summary	RGS17P1, located on chr13:40989563-40993478, is a retrocopy of the parental gene RGS17. Retrocopies of protein-coding genes, also known as processed pseudogenes, are intriguing genomic elements with implications in genome evolution and diseases. While some retrocopies are non-functional, there are examples of retrocopies (retrogenes) acquiring regulatory roles or exhibiting neofunctionalization unrelated to their parental genes.

Parental Gene

Gene Name	RGS17
Full Name	regulator of G protein signaling 17
Also known as	RGS-17\|RGSZ2\|hRGS17
Coordinate	chr6:153004459-153131284
Strand	-
Gene summary	This gene encodes a member of the regulator of G-protein signaling family. This protein contains a conserved, 120 amino acid motif called the RGS domain and a cysteine-rich region. The protein attenuates the signaling activity of G-proteins by binding to activated, GTP-bound G alpha subunits and acting as a GTPase activating protein (GAP), increasing the rate of conversion of the GTP to GDP. This hydrolysis allows the G alpha subunits to bind G beta/gamma subunit heterodimers, forming inactive G-protein heterotrimers, thereby terminating the signal. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Homology

Species	Scientific Name	Retrocopy
Chimpanzee	Pan troglodytes	RGS17P1
Bonobo	Pan paniscus	RGS17P1
Gorilla	Gorilla gorilla	RGS17P1
Orangutan	Pongo abelii	RGS17P1
Gibbon	Nomascus leucogenys	RGS17P1
Green monkey	Chlorocebus sabaeus	RGS17P1
Crab-eating macaque	Macaca fascicularis	RGS17P1
Rhesus	Macaca mulatta	RGS17P1
Baboon	Papio anubis	RGS17P1
Golden snub-nosed monkey	Rhinopithecus roxellana	RGS17P1
Marmoset	Callithrix jacchus	Without Homology
Mouse lemur	Microcebus murinus	Without Homology
Mouse	Mus musculus	Without Homology
Rat	Rattus norvegicus	Without Homology
Chinese hamster	Cricetulus griseus	Without Homology
Rabbit	Oryctolagus cuniculus	Without Homology
Pig	Sus scrofa	Without Homology
Cow	Bos taurus	Without Homology
Sheep	Ovis aries	Without Homology
Dolphin	Tursiops truncatus	Without Homology
Horse	Equus caballus	Without Homology
Dog	Canis familiaris	Without Homology
Panda	Ailuropoda melanoleuca	Without Homology
Cat	Felis catus	Without Homology
Pale spear-nosed bat	Phyllostomus discolor	Without Homology
Velvety free-tailed bat	Molossus molossus	Without Homology
Greater mouse-eared bat	Myotis myotis	Without Homology
Kuhl's pipistrelle	Pipistrellus kuhlii	Without Homology
Greater horseshoe bat	Rhinolophus ferrumequinum	Without Homology
Egyptian rousette	Rousettus aegyptiacus	Without Homology
Sloth	Choloepus didactylus	Without Homology
Tasmanian Devil	Sarcophilus harrisii	Without Homology
Opossum	Monodelphis domestica	Without Homology
Platypus	Ornithorhynchus anatinus	Without Homology
Chicken	Gallus gallus	Without Homology
Turkey	Meleagris gallopavo	Without Homology
Zebra Finch	Taeniopygia guttata	Without Homology
Budgerigar	Melopsittacus undulatus	Without Homology
Painted Turtle	Chrysemys picta	Without Homology
Lizard	Anolis Carolinensis	Without Homology
Frog	Xenopus tropicalis	Without Homology
Zebrafish	Danio rerio	Without Homology
Drosophila	Drosophila melanogaster	Without Homology

Expression

Related Sequence

>RGS17P1
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>NM_012419.5
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