RCPedia: Rtcs

Summary

Retrocopy Name	SP3P	Plot displaying the genomic locations of a retrocopy (in chr13) and its respective parental gene (in chr2). Each line represents a retrocopy.
Species	Homo sapiens
Coordinates (hg38)	chr13:89359752-89363283 UCSC
Coordinates (T2T)	chr13:88563846-88567377 UCSC
Coordinates (hg19)	chr13:90012006-90015537 UCSC
Strand	-
Parental Sequence	NM_003111.5
Parental seq. overlap	3092 bp
Parental seq. overlap (%)	26%
Genomic Region	Intergenic
Retrocopy Summary	SP3P, located on chr13:89359752-89363283, is a retrocopy of the parental gene SP3. Retrocopies of protein-coding genes, also known as processed pseudogenes, are intriguing genomic elements with implications in genome evolution and diseases. While some retrocopies are non-functional, there are examples of retrocopies (retrogenes) acquiring regulatory roles or exhibiting neofunctionalization unrelated to their parental genes.

Parental Gene

Gene Name	SP3
Full Name	Sp3 transcription factor
Also known as	SPR2
Coordinate	chr2:173900775-173965702
Strand	-
Gene summary	This gene belongs to a family of Sp1 related genes that encode transcription factors that regulate transcription by binding to consensus GC- and GT-box regulatory elements in target genes. This protein contains a zinc finger DNA-binding domain and several transactivation domains, and has been reported to function as a bifunctional transcription factor that either stimulates or represses the transcription of numerous genes. Transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene, and one has been reported to initiate translation from a non-AUG (AUA) start codon. Additional isoforms, resulting from the use of alternate downstream translation initiation sites, have also been noted. A related pseudogene has been identified on chromosome 13. [provided by RefSeq, Feb 2010]

Homology

Species	Scientific Name	Retrocopy
Chimpanzee	Pan troglodytes	SP3P1
Bonobo	Pan paniscus	SP3P1
Gorilla	Gorilla gorilla	SP3P1
Orangutan	Pongo abelii	SP3P1
Gibbon	Nomascus leucogenys	SP3P1
Green monkey	Chlorocebus sabaeus	SP3P1
Golden snub-nosed monkey	Rhinopithecus roxellana	SP3P1
Marmoset	Callithrix jacchus	SP3P1
Crab-eating macaque	Macaca fascicularis	Without Homology
Rhesus	Macaca mulatta	Without Homology
Baboon	Papio anubis	Without Homology
Mouse lemur	Microcebus murinus	Without Homology
Mouse	Mus musculus	Without Homology
Rat	Rattus norvegicus	Without Homology
Chinese hamster	Cricetulus griseus	Without Homology
Rabbit	Oryctolagus cuniculus	Without Homology
Pig	Sus scrofa	Without Homology
Cow	Bos taurus	Without Homology
Sheep	Ovis aries	Without Homology
Dolphin	Tursiops truncatus	Without Homology
Horse	Equus caballus	Without Homology
Dog	Canis familiaris	Without Homology
Panda	Ailuropoda melanoleuca	Without Homology
Cat	Felis catus	Without Homology
Pale spear-nosed bat	Phyllostomus discolor	Without Homology
Velvety free-tailed bat	Molossus molossus	Without Homology
Greater mouse-eared bat	Myotis myotis	Without Homology
Kuhl's pipistrelle	Pipistrellus kuhlii	Without Homology
Greater horseshoe bat	Rhinolophus ferrumequinum	Without Homology
Egyptian rousette	Rousettus aegyptiacus	Without Homology
Sloth	Choloepus didactylus	Without Homology
Tasmanian Devil	Sarcophilus harrisii	Without Homology
Opossum	Monodelphis domestica	Without Homology
Platypus	Ornithorhynchus anatinus	Without Homology
Chicken	Gallus gallus	Without Homology
Turkey	Meleagris gallopavo	Without Homology
Zebra Finch	Taeniopygia guttata	Without Homology
Budgerigar	Melopsittacus undulatus	Without Homology
Painted Turtle	Chrysemys picta	Without Homology
Lizard	Anolis Carolinensis	Without Homology
Frog	Xenopus tropicalis	Without Homology
Zebrafish	Danio rerio	Without Homology
Drosophila	Drosophila melanogaster	Without Homology

Expression

Related Sequence

>SP3P
GTCCAGGTAGTCAGTCTGCACTTAAATATCAATCATTTTCCTTTTTTGCTTCTTCCCTTAAAATTTATATGTATCTAGTACATTTAATTGAGAACGTATTTTTTTATTATGCTGTATTTTCTTTTTATTTTTAAATTAGTTTATATTTTCAATTAAAAAAATGTACAAAATAAAGCTACAATGCTGGTCATGGAAGAGCTATACAATTTTCCTAAATGTATACCTGTAACTGCAGCAGTTCACCTATTGCAAAAATTTGGAATTCTGTTCATTTGTTATTCTTGAGACCATCTCAAATTTAAAGGCTACCTTGATGTATGTTTAAAGTGTATTATAACAGTGTGATAGTTAATAAAACACTATTCCTTTTTCTTTTGAAAGGACACTCAGCCGTCACCGCCTGCTCTGCTGGCCGCTACCTGCAGCAAGATAGGGCCGCCAACGCCCGGCGACGACAAGGAGGAGGTGGCCGCCGGAGCCGGGGCACCCGCCGCTGCTGGAGCGACAGGTGATTTGGCTTCTGCACTGTTAGGAGGAGCACCAAACTGATGGGAGGTTTTGTCAGCCACACCTACAACTATAAAAGATGAAGCTGGTAATCTAGTACAGATTCCAGGTGCTGCTACTTCAAGTGGGCAGGCAGTATGTTCTCCCCCTTCAGAATCTGCAGAATGAGCAAACATTTTCAGACGCAGCAGGATCAGATTCATCAAATGGTACGTAGTCCAATCAACAGATGGTCGGCAGGTTCAAACTGGTTTCACAGGCTTTTCAGATAATGGGGGTATAAATGAAGAAGGCAGTCAAATTCAGATCATTCCTGGCTCTAATCAAACCTTACTTGCCTCTGGAACACCTGCCAACATCCAGAATCTCCTACCACGGACTGGTCAAGTCCAGGTTCAGGGAGTTGCAATTGGTGGTTCATCTTTTGCTGGTCCAACCCAAGTAGTTGCTAATGTGCCTCTTGGTCTACCAGGAAATATTACGTTTGTACCAATCAATAGTGTCGATCTAGATTCTTTGGGACTCTCCGACAGTTCTCAGACAGTGACTGCAGGCATTAATGCCTATGGACATTTGATAAACACAGGACAAGGTACGGATAGTTCAGACAATTCAGAAAAGACTGGTGAGAGAGTTTCTCCTGATATTAATTAAACTAATACTGATACAGATTTATTTGTGCCAACATCTTCATCACAGTTGGCTGTTAGGATACATAGTATAGGTATATTACAACAAAACACAAATAGCTTGACTACTTCTAGTGGGCAAGTTCATTCTTCAGATCTTCAGGGAAATTATATCCAGTCACCTGTTTCTGAAGAGACACAGACACAGAATATTCAGATTTCTCCAGCACAGCCTGTTGTACATCTACAACTTCAAGAGTCTCGGCCGCCAACCAGTGAAGTCCAAATTGTGCAAGGTATTACACCACAGACAATCCATAGTGTGCAAGCCAATGGTCAAAATATATCACAACAGGCTTCGCAAAATCTTCAGTTGCAGCTGAATCCTGGAAACTTTTTAATTCGGGCACAGACAGTGACCCCTTCTGGACAGATAACTTGGCAAATGTTTCAAATACAAGGTGTCCAGAGCTTGCAGAATTTGCAAATACAGAAAACTGCTGCCCAACAACTAACTTTGACACCTGTTCAAACACTCACACTTGGTCAATTTGTGGCAGGTGGAGCCTTCACTTCAACTCCAGTTAGTCTAAGCACTGGTCAGTTGTCAAATCTACAGTTACAGTAAACTCTATAGATTCTACTGGTATACAGCTACATCCAGGAGAGAATGCTGACAGTCCTGTAGATACTAGGATCAAGGAAGAAGAACCTGATCCTGAAGAGTGGCACAACTGTGTTGTGACCACAGTTAAGAGTACACGTGGCAGATGAAGAAGGGGACCAACAACATCAAGAAGGAAAAGGACTTCAGAGGGTAGCTTGCACCTGCCCCAACTGTAAAGCAGGTGGTGGGAGAAGTACCAATCTTGGGAAAAAGAAGCAACACATTTGTCCTATACCGGGGTGTGGTAAAGTCTATGGGAAGACCTCACATCTCAGAGCTCATCTACATTGGCATTCTGGACCATGCCCTTTTGTTTGTAACTGGATGTATTGTGGTAAAAGATTTACTCGAAGTGATGAATTACAGAGGCACAGTAGAACACATACAGGTGAGAAGAAATTTGTTTGTTCAGAATGTTCAAAATGCTTTGTGAGAAGTGACCATCTTGCCGAACATACTAAAACACAGCAGAATAAAAAAGGTATTCACTCTAGCAGTACGGTGCTGGCATCTGTGGAAGCTGTGCAAGACGATACTTTGATTACTGCAGGAGGAACAAAACTTATCCTTGCAAATATTCAACAAGCTTCTGTTTCAGGAATAGGAACGGTTAATACCTCTGCCACCAGCAATCCAGATACCCTTACCAACACTGAAATACCTTTATGGCTTGTCACAGTTTCTGGAAATGAGACAATGGAGTAAATATTACACAAACACATATTCACTGTGGTTATTTTTATACAGTACTGAGAAGAATATTGTTCCTAAGTTCTTAGATATCTTTGTATTGATGTGCAAAAATTTTTGGATTGACAGTAACTTGGTTATACATGACACTGAAATGCCTTACTTTGTATGATATTCCATAGTATATTAAAATGGTAAAATTGCATGGATTTTGTAGATACTTTTGGAATCTAGAAGAAATGAAATTTTACCACGTTATATAAAGAGAAAATTGAATTTAACAATGCGAATGGTAGTCTAACCAAATGCATCAATACTGTGTGGTTTAGTGTAAAAATGAGAACATGTTAGTATTTATCTATTGTAAGATAAAGCTGGTGGGTGAAAGAAATCATGTTATGATAAAAATTTTGTAATTTTCTTGATGACTGGAATTTTTATTATGCATAACTGACAAATCAAGTGTCCACACAAATGTTACATAGTGTAAGTTTTACTTAGCTTATCAATTTGTTGTTTCGAAGCTAATTATTTTAATTAGGTTAACTATCTACAAATTTTAAGCATTACTCTGGTAAGATTTTGAAAACTACATTTTAACATGGAACTCTAGGGATAGTCACCTTTTAAATCCTGTTAAAAAGCCATGTTTAAGATTTAACTTGCCAAAACAATGTCTTGTTAATATTATTTCAATAACAAAATTGGGCAACATAACCAATGTTTAAGAAGGTTTAAAATGTATAGCTTGAGGCATTTGGATGGTAAGAAAATGTTATAGTGAATTATCCCTTTTCTTGAATATTGGGGGACCAAAACAATAAGGCGTATCACATCTTAGCAGTGATTTTTATCCAATTTTGTTTTCAAAAACCATACGTCTGCCAGCGCCTTAAAAGCCATCATGTAAATTACCAGTAAAGTATAACATATGCAAACATAACCAAATCACTTTCATAGTGACGATACTCCAACCATATGGATATTAGTCATAGACAAACTAGAGGt

>NM_003111.5
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