RCPedia: Rtcs

Summary

Retrocopy Name	UBE2WP1	Plot displaying the genomic locations of a retrocopy (in chr1) and its respective parental gene (in chr8). Each line represents a retrocopy.
Species	Homo sapiens
Coordinates (hg38)	chr1:96418679-96422672 UCSC
Coordinates (T2T)	chr1:96266789-96270782 UCSC
Coordinates (hg19)	chr1:96884235-96888228 UCSC
Strand	+
Parental Sequence	NM_001001481.4
Parental seq. overlap	3475 bp
Parental seq. overlap (%)	41.1%
Genomic Region	Intergenic
Retrocopy Summary	UBE2WP1, located on chr1:96418679-96422672, is a retrocopy of the parental gene UBE2W. Retrocopies of protein-coding genes, also known as processed pseudogenes, are intriguing genomic elements with implications in genome evolution and diseases. While some retrocopies are non-functional, there are examples of retrocopies (retrogenes) acquiring regulatory roles or exhibiting neofunctionalization unrelated to their parental genes.

Parental Gene

Gene Name	UBE2W
Full Name	ubiquitin conjugating enzyme E2 W
Also known as	UBC-16\|UBC16
Coordinate	chr8:73780096-73878862
Strand	-
Gene summary	This gene encodes a nuclear-localized ubiquitin-conjugating enzyme (E2) that, along with ubiquitin-activating (E1) and ligating (E3) enzymes, coordinates the addition of a ubiquitin moiety to existing proteins. The encoded protein promotes the ubiquitination of Fanconi anemia complementation group proteins and may be important in the repair of DNA damage. There is a pseudogene for this gene on chromosome 1. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Aug 2012]

Homology

Species	Scientific Name	Retrocopy
Chimpanzee	Pan troglodytes	UBE2WP1
Bonobo	Pan paniscus	UBE2WP1
Gorilla	Gorilla gorilla	UBE2WP1
Orangutan	Pongo abelii	UBE2WP1
Gibbon	Nomascus leucogenys	UBE2WP1
Green monkey	Chlorocebus sabaeus	UBE2WP1
Crab-eating macaque	Macaca fascicularis	UBE2WP1
Rhesus	Macaca mulatta	UBE2WP1
Baboon	Papio anubis	UBE2WP1
Golden snub-nosed monkey	Rhinopithecus roxellana	UBE2WP1
Marmoset	Callithrix jacchus	UBE2WP1
Mouse lemur	Microcebus murinus	Without Homology
Mouse	Mus musculus	Without Homology
Rat	Rattus norvegicus	Without Homology
Chinese hamster	Cricetulus griseus	Without Homology
Rabbit	Oryctolagus cuniculus	Without Homology
Pig	Sus scrofa	Without Homology
Cow	Bos taurus	Without Homology
Sheep	Ovis aries	Without Homology
Dolphin	Tursiops truncatus	Without Homology
Horse	Equus caballus	Without Homology
Dog	Canis familiaris	Without Homology
Panda	Ailuropoda melanoleuca	Without Homology
Cat	Felis catus	Without Homology
Pale spear-nosed bat	Phyllostomus discolor	Without Homology
Velvety free-tailed bat	Molossus molossus	Without Homology
Greater mouse-eared bat	Myotis myotis	Without Homology
Kuhl's pipistrelle	Pipistrellus kuhlii	Without Homology
Greater horseshoe bat	Rhinolophus ferrumequinum	Without Homology
Egyptian rousette	Rousettus aegyptiacus	Without Homology
Sloth	Choloepus didactylus	Without Homology
Tasmanian Devil	Sarcophilus harrisii	Without Homology
Opossum	Monodelphis domestica	Without Homology
Platypus	Ornithorhynchus anatinus	Without Homology
Chicken	Gallus gallus	Without Homology
Turkey	Meleagris gallopavo	Without Homology
Zebra Finch	Taeniopygia guttata	Without Homology
Budgerigar	Melopsittacus undulatus	Without Homology
Painted Turtle	Chrysemys picta	Without Homology
Lizard	Anolis Carolinensis	Without Homology
Frog	Xenopus tropicalis	Without Homology
Zebrafish	Danio rerio	Without Homology
Drosophila	Drosophila melanogaster	Without Homology

Expression

Related Sequence

>UBE2WP1
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>NM_001001481.4
GCGTCTCTGGCCTCGCCGGTCTTGGGGGGATGGTTCCATCATGGCGTCAATGCAGACCACAGGAAGGAGGGTGGAAGTATGGTTTCCAAAACGACTACAGAAAGAACTGTTGGCTTTGCAAAATGACCCACCTCCTGGAATGACCTTAAATGAGAAGAGTGTTCAAAATTCAATTACACAGTGGATTGTAGACATGGAAGGTGCACCAGGTACCTTATATGAAGGGGAAAAATTTCAACTTCTATTTAAATTTAGTAGTCGATATCCTTTTGACTCTCCTCAGGTCATGTTTACTGGTGAAAATATTCCTGTTCATCCTCATGTTTATAGCAATGGTCATATCTGTTTATCCATTCTAACAGAAGACTGGTCCCCAGCGCTCTCAGTCCAATCAGTTTGTCTTAGCATTATTAGCATGCTTTCCAGCTGCAAGGAAAAGAGACGACCACCGGATAATTCTTTTTATGTGCGAACATGTAACAAGAATCCAAAGAAAACAAAATGGTGGTATCATGATGATACTTGTTGATGCCACTGTTATCATCCTCCTAGCAGAAGATAGTCCTACTGAGAAAATGAGCACTTTGATCATTCAGTCTTTGAACTTTAACCTTTGACTGGAAGTGACCTATAGGCAATGAAGACTACTTCCTTTTACTGCATTTTTACTCGTGTGCATTCTGGGCGCATGTTGATCGCTGGTTCAGTCCAGGCAACTGACATGCTTTTATTAGTCATACAGTATTAATGCAGGTGTCAGGAAATGTCAAATATAATTCCATTTTTTATTTTTATTTTTTTAAGCTTTTGGAAAAGCTCCAGGTCCTCATGTATTGTGCAATAACAATGACTTCCTTGGCGGTTTTGGTACGTTCATTGCCGGCAATGGGCGTTGTAACAGGAAAAGTTTTCATTAACTCCTGCCATTCAATGATTAATGCATGATAGGGCCTATGAAATGAACTTACTGGTTATAGTGGGAATATAAATAAAGTGAGGGATCCAACATTACTTTAAAAGTCACCCCAACTGTTTATATTTGGATTCTATGCACTGTGATCCTAAGGTTAACAGCATGAATTAACATGCGTCTTTAAAGGACTGTAATGAAAGATCATTGCATATTTATTGAATTGTTTATATCTACTGTCAAGTTGTTTTGACATGGAAGATTTTCAAGTAACATTGGCAGAGAGGTACAGTATGTTATCCCTATGGTGAAAATAAATTAATTTGTTGTATATAGTTCCTCAATCTCTGAAGTAAAGGTATGAGTAATATAGGGTATGAATGGTTTAATCAAGGCTTTATTTTGGAAGTAAGAAAAATGGCAGTGATGATTAAATTGCTGCAGTCCATAATTTGGGCTTGTTATTTGTACATTAAAGATTTTTTCCAAGTAAGTTACACTCTGTTAACTTCCTGCTAGCCATCAGCATGAGCCCTACTGCCTAAACACTATTTCATTTATTTATGTTTGGAAACCCCGTAAACATTTTTGTTTGCAATCTTGTTTCTTTTGTTATAAGTCAAGTTTGAATGTTACAATACTTTTATTGAAACTTTTGTTAAGTTTTTTCTTGTAAATTTTCTTTACTTGTGAGTATCATCTTGTCCTTTAATCCTGTACCCTAAAATAAGAAATACATTTTTGACAGAGGCTTAATGTTTTAACAAAAGAGTGTGGACATTTTTATTTTAAAATTTAGGCAAAAGTCACTATCAAATGGTTGCTTATTTGTCTCACACAGCCATATAGTTTTTCCTGGAGGGTTTTGTTTTGTTGTTGTTGAAAAGACTTTGCTTACAGCTAGATGAAACTTTCTATAGAAAAAAAAAATTGTTGAAAGGTCCAGTTCTCAGTACCATGTGAGTTAATGATACTACAACTAAGTTCTTTTTAAAAAGTGATTAATGTATTTTATAAATTACCTTTTCACATATGCAAAATCTGTTTCTACTACAATGTTATTTTTACTAATGCCTTATTGTTGCACTCTTTTTGAAATATCCTGCAGTGAATATATGAATCAATTTGGGCTTAAAACTGAAAGCCAGTTGGCTGAAAGGTTTGAAATACGTACCCCAGTAAAACCATTCAATCAATAATTGGTAAATAATATTTTAAAATTGTTTTTAATCTGTATAGATGACATTTTGTAGCTTTGTACATGTTGTTAATTAAGGGCATATAATTTTACACTCAAAGTATAATTGCTGAACTCAGGGGTGGGTAGACTTCAAAAATATGTCTGCTATAGAAATAACTTGAAAAAAAAAATTAAAACCGTGGCCAGCCACCAAATTGTGGACACTGTTTATATACTGCTAGTTAACAATTACCACTTTTAAAAAATTATAACCGTTTTTGTTCTATCTTGACTAGATAAATTCTCACAATGATCTCTGTCAGTTTTATTAGTTGGCCTGTTTAACCAAGACAGAAAGTCTTTGAATTACTCATAGTTTTAAACTGCTTTTAATATGAAAATTGCAGCTGTAAATTATGTATTTTCATATTTTGCGTAACTGCTCTACACTACTGTTTGACTTGATCTTCTTCTGGGGGTTAGGGAGAAATCTGTCTCCATATTGCTGGTTCTCTTACCAAAATGCTTTTATAAAGAAATGACCGGTGACATTTATTCACCAAAGGAATTAATATACTGAGTCAAAGATTAACAATGCTATACTATAGAGTAATAGGTCATATATAGCCTCAATTGAGTTTTTTATGACAATATTTTAACATACCTCTCTCTCTACATATAAATACCATAAAGTAAACTAAAATGACACAGAGGAAAGTAGAGGAAAATGAAATAATTTCGGTACATCTTATGGTTTAAAGAGTAGAAAATAAGATGAAATATCCTAAAATATAGGAGCACAGACATTTAAAATTCATAATCAGGCTAACAACACTCTCTTGAATTTAGGAATCATTGAAAACTCCTTGCACTTAGATTTAATTTATATGTTAGTTACATTATTAAAAGTCATAAGGCATTTATCTGAGTCATTGCTCTACAGAGAGCAATTAATGGCTTGTAATAATAAAAAGAATATTTCTCTGTAATGCATTGTTGAAAGACAACCAGAATATCAAGAAAATGTATATAGGAATATGCTACTTGCCTCCTCCCTGCATTTCCTCGTGGGGCACTATTTGCGACATAGGCCTACAGAATTAGACTTTCATACTTAGAAGATAAGGTACACTCTTCTTCTtttatttatttatttatttatttTTAGGCCATTCTTCTGGTTTGCCAAATTCTATTAAGACAGTGATACATTTGCTTCCTTATTTATGCATGCTTAGATCATGAACATGATGCCCTTCTTTTTTTTTTTTTTCTTTGGTCAAGTAGGGATTAATGCCATAGGTTTAGAGAGAAGGATTGTTTTCAGTTTTTAAGAGAATTTTTTAAAAATACATTTTATGGTTCTCTTAAGGAATTAATATTCACTTCTGAAGGACTTACTTGTAATATATAATTTATCATTTTAGCCAGCAGGGAAATAAATCATTTTTAATCCCCAGAAGAAAGTGCTGGAAATAGCTTCTATATAGTCAGCAGTTCACCTGGAGAAAGATCTTAATTCCTTGTTGTTTTGACTAGGAATATCAATATTTGGTATAAAATAACTAGAATAGTTTATTACCTTTTCCCTCATGAAATTTTAAATATATGCAAATATATATATCATTAGATTCCTGTGGTGGATAATAATTTCTTCAGATTCTAAAACAGGTGTCTAGTGACTGCTTAATTGTTTCCAAGTTGCATCAAAGATGAATTGGTAAATAATGGAAATGAGTAGTGATATGAAAATGGTTATGTAACTACATATTACTTGTTTCTGGTAATCAAGTCTTATTTTTTAAAAGCCTATTGTTTTTCAGAATTGAGATATTTAAAACTTGTTATAACTTCTTCCTAAAAATAGAAGAGAAGAGGAGGTACTGTGTGTTACAAAAATTTTTTTAAATAAAGAATTCAGTGTCACTAGTTCTAAGCCTTTATGGTTACTGCTGCTTATATTTCTTGATCTCACTTTCATTAATTTTTTTGTACATATCTTAGCTGAATGCTTAAAATTTACAATTATTTGTAATTGTGTATGTAAATTGcttttcaaaaagaactgaagcttaaccatattcttcttttctgaggattcattatcagaatcagctactatactgttctgtgttatagtaatgccgttactgcctgtgcatgattgaggtctgtgaagaaggtgtcttttaatctgcaccaactggccccaatcctctttgtagtcctttttaaattgttttaaatctgtcctttatttttcttcctatttttctgcctcttcccactgatgtccaatgtgtcagtcttccgcagtttccttttctcacttctaatttattctctcttttttttttctgaggttagggattctacagaaggacgattattaaaattatgccatgaatttttgaaaaatttaaaatgctctcctacaaataaaatacatggagtttCTGATACTAATTTCAGTTTGTCAGTAGATGGCTAAATTTGTTGAATAATTGACTACTTGGTAAATGAGCTGTTAGCTGTAATTAGTTCTTTAGTACTAATATTAAGGAAATTTTGTTATTTTCGGATGAGGACTCTCCCAAAGCCAAATTATTGTCCAAGCAAATTATTTATTTTTTCCATTTAAATTTCTAAGTCATTTTGAGATGTGGAATGATTAtttttattatttatttatttatttatttttgagacggagtcttgctctgtcacccgggctttagtgcagtgcacgatcttggctcatttcaatctccacctcctgggtctaagcgattctcctgcctcagcctcttgagtagctgggattacaggcatgtgctgccacacctgactaatttttagtagagacaaggtttcaccgtgttggccaggctggtgttgaactcctgactt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