RCPedia: Rtcs

Summary

Retrocopy Name	TNPO1P1	Plot displaying the genomic locations of a retrocopy (in chr10) and its respective parental gene (in chr5). Each line represents a retrocopy.
Species	Homo sapiens
Coordinates (hg38)	chr10:84390905-84393707 UCSC
Coordinates (T2T)	chr10:85269397-85272200 UCSC
Coordinates (hg19)	chr10:86150661-86153463 UCSC
Strand	+
Parental Sequence	NM_001364294.3
Parental seq. overlap	2500 bp
Parental seq. overlap (%)	29.3%
Genomic Region	Intragenic (CCSER2)
Retrocopy Summary	TNPO1P1, located on chr10:84390905-84393707, is a retrocopy of the parental gene TNPO1. Retrocopies of protein-coding genes, also known as processed pseudogenes, are intriguing genomic elements with implications in genome evolution and diseases. While some retrocopies are non-functional, there are examples of retrocopies (retrogenes) acquiring regulatory roles or exhibiting neofunctionalization unrelated to their parental genes.

Parental Gene

Gene Name	TNPO1
Full Name	transportin 1
Also known as	IPO2\|KPNB2\|MIP\|MIP1\|TRN
Coordinate	chr5:72816650-72914388
Strand	+
Gene summary	This gene encodes the beta subunit of the karyopherin receptor complex which interacts with nuclear localization signals to target nuclear proteins to the nucleus. The karyopherin receptor complex is a heterodimer of an alpha subunit which recognizes the nuclear localization signal and a beta subunit which docks the complex at nucleoporins. Alternate splicing of this gene results in several transcript variants encoding different proteins. [provided by RefSeq, Jun 2018]

Homology

Species	Scientific Name	Retrocopy
Chimpanzee	Pan troglodytes	TNPO1P1
Bonobo	Pan paniscus	TNPO1P1
Gorilla	Gorilla gorilla	TNPO1P2
Gibbon	Nomascus leucogenys	TNPO1P1
Green monkey	Chlorocebus sabaeus	TNPO1P1
Crab-eating macaque	Macaca fascicularis	TNPO1P1
Rhesus	Macaca mulatta	TNPO1P1
Baboon	Papio anubis	TNPO1P1
Golden snub-nosed monkey	Rhinopithecus roxellana	TNPO1P1
Orangutan	Pongo abelii	Without Homology
Marmoset	Callithrix jacchus	Without Homology
Mouse lemur	Microcebus murinus	Without Homology
Mouse	Mus musculus	Without Homology
Rat	Rattus norvegicus	Without Homology
Chinese hamster	Cricetulus griseus	Without Homology
Rabbit	Oryctolagus cuniculus	Without Homology
Pig	Sus scrofa	Without Homology
Cow	Bos taurus	Without Homology
Sheep	Ovis aries	Without Homology
Dolphin	Tursiops truncatus	Without Homology
Horse	Equus caballus	Without Homology
Dog	Canis familiaris	Without Homology
Panda	Ailuropoda melanoleuca	Without Homology
Cat	Felis catus	Without Homology
Pale spear-nosed bat	Phyllostomus discolor	Without Homology
Velvety free-tailed bat	Molossus molossus	Without Homology
Greater mouse-eared bat	Myotis myotis	Without Homology
Kuhl's pipistrelle	Pipistrellus kuhlii	Without Homology
Greater horseshoe bat	Rhinolophus ferrumequinum	Without Homology
Egyptian rousette	Rousettus aegyptiacus	Without Homology
Sloth	Choloepus didactylus	Without Homology
Tasmanian Devil	Sarcophilus harrisii	Without Homology
Opossum	Monodelphis domestica	Without Homology
Platypus	Ornithorhynchus anatinus	Without Homology
Chicken	Gallus gallus	Without Homology
Turkey	Meleagris gallopavo	Without Homology
Zebra Finch	Taeniopygia guttata	Without Homology
Budgerigar	Melopsittacus undulatus	Without Homology
Painted Turtle	Chrysemys picta	Without Homology
Lizard	Anolis Carolinensis	Without Homology
Frog	Xenopus tropicalis	Without Homology
Zebrafish	Danio rerio	Without Homology
Drosophila	Drosophila melanogaster	Without Homology

Expression

The Genotype-Tissue Expression project - (GTEx)

Related Sequence

>TNPO1P1
GCCTAGAAGAGGAGGCTTGTACAGCACCTGTTACTCACTTTGCTTATATACTTGATACCCTGGTCTTTGCATTTAGTAAATACCAGCATAAGAACCTGCTCGTGCTTTACAATGCCTTAGGAACATTAGCAGATTCAGTAGGACATCATTCAAACAAACCAGAATATATTCAGATGCTAATGCCTCCACTGACCCAGAAATGGAACATGTTAAATGGTGAAGATAAGGATCTCTTCCCTTTACCTGAGTGCCTATCTTCAGTTGCCACAGCACTGCAGTCTGGCTTTCTTCCATACTGTGAACCTGTGTAAGAGACAATGAGGAAAACTTGCCCAAGCCATGCTAAACAATGCTCAACCAGATCAATATGAAGCTCCAGATAAAGATTTTATGTTAGTGTCTCTTGATTTACTGAGTGGCCTGGCTGAAGGACTTGGAGGCAACATTGAACAGCTGGTAGCCCAAAGTAACATCCTAACACTAATGCATCAGTGGATGCAGGATAAAATGCTAGAAGTTCGACAGAGTTATTTTGCCCTGTTAGGTGACCTCACAAAAGCTTGCTTTCAGCATGTTAAGCCTTGTATAGCTGATTTCATGCCAATACTGGGAATCAACCCAAATCCAGAATTCATTTCAGTCTGCAACAATGCCACATAGGCAGTTGGAGAAATCTCCATTCAAATGGATATAGAGATGCAGCCTTATATTCCTATGGTGTTGCACTAGCTTGTAGAAATCATTAACAGACCCAACACACCAAAGACATTGTTAGAGAATACAGCAATAACGATTGGTCGTCTTGGTTACGTGTGTCTTCAAGAGGTGGCCCCCATGCTACAGCAGTATGAAGACCCTGGTGCACCTTTCTGAGAAACATAAGAGACAATGAGGAAAAGGATTCAGCATTCCGTGGAATTTGTACCATGATCATTGTGAATCCCAGTAGTGTAATCCAAGATTTTATATTTTTTTGTGATGCTGTTGCATCATGGATTAACCCAAAAGATGATCTCAGAGACACATTCGGTGTAAGATCCTTCATGGATTTAAAAATCAAGTAGGCGATAAAAATTGGAGGCATTTCTCTGACCAGTTTCCTCTTCCCTTAAAAAGAGCGTCTTGCAGCTGTTTATGGTGTTTAATACACTTAAGCTGCAGTCCCAAAATTAGGGGTCCTTCAGTCTTGGAGACTATGAGGGAGCCTCTGCACCCAGGGAAAATACTACCCTTTACGGGGGGAAGGGTAAACCGGTAGGGAATACACTACAATCTCAACCCTACTGGAAGGGGCAGGAGGGAGGTGTTGCTGTCACTGTATTAGGTTGATGTTGGGAAACGTTTTAACATGTGGAGCCTTTGTGGGTTGAAATATGTCTCCAGCTACAACTCTGCACTGGATCTGAAGAAGCTCTGTTCAGTCTACTCACAAAACAGCACATTGTGGAATATTATGGAGAATTGTACCAAAACAGGAACCATATAAATGATGCATAGGGACAAGAAAGAGGAACAATTCTATAGCGCACAATAAAGGAAACCTAAGAATGGGAGTTACAAATAGTAAAGAAGCtAATCCAAGTTTTCCCACATGATGGGGCTTTGTTTTGCATATTGATGAAGAACTGCACAAACAGAACTAATATAGTTAAAATCAGCTTGCCTTCCCATAGTAGAAGCAGGTTCTTGGAAGTTACAATTTAAGGTACCCCAAAAAAGTTGGAAATAGAACAAAACAAACATGAACAATGAAGCACCCTGTGAAATGCCAAATGAGTCACTCCTTTTACCTTTTTTGGGGTGTGCAGGCTGGGTGGAATAAATGGGGCTTGGTATATCAAACTAAAGATGACATCTTAATTTTGCATTGAACATTAATGTAGCGGATATAATTTGATGGTTGCACTTCATTAGATTTAATTTCTAGGCCAATATGTTATTTTTTAAAGTGCAGTTTAAGGGTTAGGCATGCTTTCTGGCTCATAGTGGTTGAAAGTAATTTAAATTAGTGGGGAAGTAGCATGCTTGCATCACATAGAGTGAGACTGGTATTCATTTACCTATGTTGCAGCAATTTGTGTTGCAGTTTACCAATTTAGTGTAGCCCTGCTACACTAAATTGTTCCTTCTTAAGATTTGTGGGTTTTATTTTCATTAAGAATATAGACATATAAAGTACTGTAGTTTACAGCTAGTCCTTGAAATGTCTTTTTTAGGATCTGTTAGGAATAAGATTGATATTGCATTGTGTGTAACCTGCACAATGTGGAAAGCTGATATACCTGTGCAAAATCTTTGCCTCTGTGCTGTCAGTGTGATGTGCTTTCTGCATGGTTATATACTACTCATGATTCTATCAAAACTTCTAAAATTTAAATTACGTGGTAAAAGATGTGTAAAAGGCTGCGTAAATGTCAGTTGGCACATAAAGACAATTGTAGAAGTTGAAAAATGATTGCTGTATTTCAGTGTTTTATCCCCACTCAACATACTGCCTTCTAAGCTTTCTTTTTTTTTGTTCAAAGCATGATCTTAAAGATATGTTTAAGTTAATGGGTGTAATGCAGGGTTCCTACGCTGTATTTTGGTGCATGTTGGTGGCCCTCTGTGCCGTAGATGTATGCACATAGGTTGCAAGTGAAAAGCTACAGAGTGAAAGTTGGTTTGGATCCTCTTCATTTCATTTGTTTAGCTTTTCTGTTATTTTTCTCTACTTACATGTATTCCTGTGAATAAATCCTTGTTAA

>NM_001364294.3
CCTTGCGCTcggcggccgcggcggcagcagcagcagacgctggcggccgggctgcCAGGAGCAGTTCCGCCGGGTTTCACTGTCCGTGACTTCCTTCGGGGCACCTCAGGCAGCAAACCAAGATGGAGTATGAGTGGAAACCTGACGAGCAAGGGCTTCAGCAAATCCTGCAGCTGTTGAAGGAGTCCCAGTCCCCAGACACCACCATCCAGAGAACCGTGCAACAAAAACTGGAACAACTTAATCAGTATCCAGACTTTAACAACTACTTGATTTTTGTTCTTACAAAATTAAAATCTGAAGATGAACCCACAAGATCATTGAGTGGTCTTATCTTGAAGAATAATGTGAAAGCACACTTTCAGAACTTCCCAAATGGTGTAACAGACTTTATTAAAAGTGAATGTTTAAATAATATTGGTGACTCCTCTCCTCTGATTAGAGCCACTGTTGGTATTTTGATCACAACTATAGCCTCCAAGGGAGAATTGCAGAATTGGCCTGACCTCTTACCAAAACTCTGTAGCCTGTTGGATTCTGAAGATTATAATACCTGTGAGGGAGCATTTGGTGCCCTTCAGAAGATTTGTGAAGATTCTGCTGAGATTTTAGACAGTGATGTTTTAGATCGTCCTCTCAACATCATGATTCCCAAATTTTTACAGTTCTTCAAGCATAGTAGTCCAAAAATAAGGTCTCACGCTGTTGCATGTGTCAATCAGTTTATCATCAGTAGGACTCAAGCTCTAATGTTGCACATTGATTCTTTTATTGAGAATCTCTTTGCATTAGCTGGTGATGAAGAACCAGAGGTACGGAAAAATGTGTGCCGAGCACTTGTGATGTTGCTCGAAGTTCGAATGGATCGCCTGCTTCCTCACATGCATAATATAGTTGAGTACATGCTACAGAGGACTCAAGATCAAGATGAAAATGTGGCTTTAGAAGCCTGTGAATTTTGGCTAACTTTAGCTGAACAGCCAATATGCAAAGATGTACTCGTAAGGCATCTTCCTAAGTTGATTCCTGTGTTAGTGAATGGCATGAAGTACTCAGACATAGATATTATCCTACTTAAGGGTGATGTTGAAGAAGACGAAACGATTCCTGATAGTGAACAGGATATACGGCCACGTTTTCACCGATCGAGGACGGTGGCTCAGCAGCatgatgaagatggaattgaagaggaagatgatgatgatgatgaaattgatgatgatgatACAATTTCTGACTGGAATCTAAGAAAATGTTCTGCTGCTGCCCTGGATGTTCTTGCAAATGTGTATCGTGATGAACTGCTGCCACATATTTTGCCCCTTTTGAAAGAATTACTTTTTCATCATGAATGGGTTGTTAAAGAATCAGGCATTTTGGTTTTAGGAGCAATTGCTGAAGGTTGCATGCAGGGCATGATTCCATACTTGCCTGAGCTTATTCCTCACCTTATTCAGTGCCTCTCTGATAAAAAGGCTCTTGTGCGTTCCATAACATGCTGGACTCTTAGCCGCTATGCACACTGGGTGGTCAGCCAGCCGCCAGACACGTACCTGAAGCCATTAATGACAGAATTGCTAAAGCGCATCCTGGACAGCAACAAGAGAGTACAAGAAGCTGCCTGCAGTGCCTTTGCTACCCTAGAAGAGGAGGCTTGTACAGAACTTGTTCCTTACCTTGCTTATATACTTGATACCCTGGTCTTTGCATTTAGTAAATACCAGCATAAGAACCTGCTCATTCTTTACGATGCCATAGGAACATTAGCAGATTCAGTAGGACATCATTTAAACAAACCAGAATATATTCAGATGCTAATGCCTCCACTGATCCAGAAATGGAACATGTTAAAGGATGAAGATAAAGATCTCTTCCCTTTACTTGAGTGCCTATCTTCAGTTGCCACAGCACTGCAGTCTGGATTCCTTCCGTACTGTGAACCTGTGTATCAGCGTTGTGTAAACCTAGTACAGAAGACTCTTGCACAAGCCATGCTAAACAATGCTCAACCAGATCAATATGAAGCTCCAGATAAAGATTTTATGATAGTGGCTCTTGATTTACTGAGTGGCCTGGCTGAAGGACTTGGAGGCAACATTGAACAGCTGGTAGCCCGAAGTAACATCCTGACACTAATGTATCAGTGCATGCAGGATAAAATGCCAGAAGTTCGACAGAGTTCTTTTGCCCTGTTAGGTGACCTCACAAAAGCTTGCTTTCAGCATGTTAAGCCTTGTATAGCTGATTTCATGCCAATATTGGGAACCAACCTAAATCCAGAATTCATTTCAGTCTGCAACAATGCCACATGGGCAATTGGAGAAATCTCCATTCAAATGGCAATAACAATTGGTCGTCTTGGTTACGTTTGTCCTCAAGAGGTGGCCCCCATGCTACAGCAGTTTATAAGACCCTGGTGCACCTCTCTGAGAAACATAAGAGACAATGAGGAAAAGGATTCAGCATTCCGTGGAATTTGTACCATGATCAGTGTGAATCCCAGTGGCGTAATCCAAGATTTTATATTTTTTTGTGATGCCGTTGCATCATGGATTAACCCAAAAGATGATCTCAGAGACATGTTCTGTAAGATCCTTCATGGATTTAAAAATCAAGTTGGCGATGAAAATTGGAGGCGTTTCTCTGACCAGTTTCCTCTTCCCTTAAAAGAGCGTCTTGCAGCTTTTTATGGTGTTTAATCTAATACACTTAAGCTGCAGTCCCAAAATTAGGGGTCCTTCAGTCTTGGAGACTATAAGGGAGCCTCTGCACCCAGGGAAAATGTTACCCTTTACAGGGGGGAAGGGTAAACCAGTAGGGAATACAGTACAATCCCAACCCTACTGGGAGGGGCGGGAGGGAGGTGTTGCCGTCACTGTATTAAGTCGATGTTGGGAAACGTTTTAACATCTGGAGCCTTTGTGGGTGGAAATATGTCTCCAGTTACAACTCCGCAGTGGATGTGAAGAAGCAAAAAAAAAAAAATCTATTCAGTCTACTCACAAAACAGTACATTGTGGAATATTATGGGGAATTGTACCAAAACAAGAACCATATAAATGATGCCTAGGGACAAGAAAGAGGAACAATTCTATAGCGCACAATAAAGGAAACCTAAGAATGGGAGTTACAAATAGTAAAGAAGCTTTTTTTTTTTTTTTAATTTAAAGTTTTTTTATGTAAGTTTTCCCACATGATGGGGCCTTGTTTTGCATGTTGATGAAGAACTACACAAAGAAAACTAATATAGTTAAAAGTCAGCTTGCCTTCCCGTAGTAGAAGCAGGTTCTTGGAAGTTACAATTTAAGGTACCCCAAAAAAGTTGGaaataaaacaaaacaaacataaacaaTGAAGCACCCTGTGAAATGCCAAATGAGTCACTCCTTTTACCTTTTTTGGGGTGGGCAGGGAGGGAGGAATAAATGGGGTTGGGCATATCAAACTAAAGATGACATCTTAATTTTGCATTGAACATTAATGTAGCGGATATAATTTGATGATTATACTTCATTAGATTTAATTTCTAGGCCAAGATGTTACTTTTTAAAGTGCAGTTTAAGGTTCAGGCATGCATTCTGGCTCATAGTGGTTGAAAGTAATTTAAATTAGTGGGAAAGTAGCATGCTTGCATCACATAGAGTGAGATTGGTATTCATTTACCTATGTTGCGCCAGTTTGTGTTGCAGTTTACCAATTCAATATAGCCCTGCATTTAAAGTTCCTTTTTAAGATTTGTGGATTTTATTTTTATTAAGAACATAGATATATAAAGTACTGTAGTTTACAGGTAGGCCTTGAAATATCTTTTTTAGGATCTGTTAGGAATAAGATTGATATTGTATTGTGTGTAACCTGCACAATGTGGAAAGCTGATATACCTGTGCAAAATCTTTGCCTCTGTGCTGTCAGTGTGATGTGCTTTCTGCATGGTTATATACTACTAGTGATTTTATCAAAACTTCTAAAATTTAAATTACGTGGTAAAAGATCTGTAAAAGGCTGCATAAATGTTAGTTGGCACATAAAGACAATTGTAGAAGTTGAAAAATGATTGCTATATTTCAATGTTTATTCCCACTCAACATACTGCCTTCTAAGCTTCCCTTTTTTTGTTCAAAGCATGATCTTAAAGATATGTTTAAGTTAATGGATGTAATGCAGGGTTCCTACACTGTATTTTGGCGCATGTTGGTGGCCCTCTGTGCCCTAGATATATGCACACAGGGTGCAAGTTAAAAGCTACAGAGTGAAAGTTGGTTTGGATCCTCTTCATTTCATTTGTTTAGCTTTTCTGTTATTTTTCTCTACTTACATGTATTCCTGTGAATAAATCCTTGTTAAGTTAACCCTTTACTTTTCCTTCCATGTGTATTTTCTTATATACTGTGAATGTGAAAACCTAACTGGTACACTTGATCTTGTGTTCATATGAAAGTGCAAGTCTTTATTAATTTGGATTGCCTGAACAGTGTATCCCATGATGATGAAGGAAAATGGAGAGATTTTTCTTTTTAACTCTGCTGGTCAGAGATGAAGCCACGCCTTTCCATTTTTCAATGCTGCATATTTAATCTGCAACAAAAATGTTAAGCCATAACAGCCTTTTTATATTTTAGTTTGTCACCTTTGCATTGCAGAATAAATACTGAATAACCATTTTTATAAGCAGTTGCTCCTCTTTGCATGGTTCTATTCTCTAAAAGTGTTGAATGATACAGCCATTGCACTGAAGTTTGAGCTGTGTGCGTGTGAATTTATACTGTTTCAAAAATTTCAAATGCATGGTAGCATGTAGAAAGgtttttgttactatgtgtgtgtgtgtgttttgttttgttttgttctgttttttAACGTTCTTTCACCTTTCCTCTACTTTGGCTTTGCAAATTTCAGTCTGTAGAGCCTGAAATTAAATTATTTTATAGTGCCTGATATTTTTAATATTATAAGTTGGATTCAAAGGGTATACAGCATTTTGTTTTCTAGTACCATTG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>NM_001364294.3 

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