RCPedia: Rtcs

Summary

Retrocopy Name	RLIMP2	Plot displaying the genomic locations of a retrocopy (in chr15) and its respective parental gene (in chrX). Each line represents a retrocopy.
Species	Homo sapiens
Coordinates (hg38)	chr15:49794023-49799156 UCSC
Coordinates (hg19)	chr15:50086220-50091353 UCSC
Strand	+
Parental Sequence	NM_016120.4
Parental seq. overlap	3598 bp
Parental seq. overlap (%)	33.9%
Genomic Region	Intergenic
Retrocopy Summary	RLIMP2, located on chr15:49794023-49799156, is a retrocopy of the parental gene RLIM. Retrocopies of protein-coding genes, also known as processed pseudogenes, are intriguing genomic elements with implications in genome evolution and diseases. While some retrocopies are non-functional, there are examples of retrocopies (retrogenes) acquiring regulatory roles or exhibiting neofunctionalization unrelated to their parental genes.

Parental Gene

Gene Name	RLIM
Full Name	ring finger protein, LIM domain interacting
Also known as	MRX61\|NY-REN-43\|RNF12\|TOKAS
Coordinate	chrX:74582976-74614624
Strand	-
Gene summary	The protein encoded by this gene is a RING-H2 zinc finger protein. It has been shown to be an E3 ubiquitin protein ligase that targets LIM domain binding 1 (LDB1/CLIM), and causes proteasome-dependent degradation of LDB1. This protein and LDB1 are co-repressors of LHX1/LIM-1, a homeodomain transcription factor. Multiple alternatively spliced variants, encoding the same protein, have been identified. [provided by RefSeq, Feb 2009]

Homology

Species	Scientific Name	Retrocopy
Chimpanzee	Pan troglodytes	RLIMP1
Bonobo	Pan paniscus	RLIMP1
Orangutan	Pongo abelii	RLIMP1
Gibbon	Nomascus leucogenys	RLIMP1
Green monkey	Chlorocebus sabaeus	RLIMP1
Crab-eating macaque	Macaca fascicularis	RLIMP1
Rhesus	Macaca mulatta	RLIMP1
Baboon	Papio anubis	RLIMP1
Golden snub-nosed monkey	Rhinopithecus roxellana	RLIMP1
Gorilla	Gorilla gorilla	Without Homology
Marmoset	Callithrix jacchus	Without Homology
Mouse lemur	Microcebus murinus	Without Homology
Mouse	Mus musculus	Without Homology
Rat	Rattus norvegicus	Without Homology
Chinese hamster	Cricetulus griseus	Without Homology
Rabbit	Oryctolagus cuniculus	Without Homology
Pig	Sus scrofa	Without Homology
Cow	Bos taurus	Without Homology
Sheep	Ovis aries	Without Homology
Dolphin	Tursiops truncatus	Without Homology
Horse	Equus caballus	Without Homology
Dog	Canis familiaris	Without Homology
Panda	Ailuropoda melanoleuca	Without Homology
Cat	Felis catus	Without Homology
Pale spear-nosed bat	Phyllostomus discolor	Without Homology
Velvety free-tailed bat	Molossus molossus	Without Homology
Greater mouse-eared bat	Myotis myotis	Without Homology
Kuhl's pipistrelle	Pipistrellus kuhlii	Without Homology
Greater horseshoe bat	Rhinolophus ferrumequinum	Without Homology
Egyptian rousette	Rousettus aegyptiacus	Without Homology
Sloth	Choloepus didactylus	Without Homology
Tasmanian Devil	Sarcophilus harrisii	Without Homology
Opossum	Monodelphis domestica	Without Homology
Platypus	Ornithorhynchus anatinus	Without Homology
Chicken	Gallus gallus	Without Homology
Turkey	Meleagris gallopavo	Without Homology
Zebra Finch	Taeniopygia guttata	Without Homology
Budgerigar	Melopsittacus undulatus	Without Homology
Painted Turtle	Chrysemys picta	Without Homology
Lizard	Anolis Carolinensis	Without Homology
Frog	Xenopus tropicalis	Without Homology
Zebrafish	Danio rerio	Without Homology
Drosophila	Drosophila melanogaster	Without Homology

Expression

Related Sequence

>RLIMP2
TTTTCCTGTCGCTGCTTGGTAACAATGGGGAAGATAATGGCTGCCTGAGCAACGTCTCCAAGCAGGCGCTAGGCTAGAGGCGGGTCTCAACCAGCTACTTATTGGAGGCGGGCTTGAGAGCTGCGGCCAGGGAGGTGCGGAGCAGCTTCGGAGGCAGCGGCCGAACCAACCGAGTCGGACCCTGACCCTCAAACCTGGTAATTTTCCACTTGTTCATTAATATGGAAAACTCAGTTTCTAATGACAAAGGAAGTGGTGATCAGTCTGCAGCACAGTGCAGAAGTCAGATGGACCGATTGGATCGGGAAGAAGCTTTCTATCCATTTGTAAATAACCTGAGTGAAGAAGATTATAGGCTTATGGAGATAATAATTTGCTAGGCACCCCAGGTGAAAGTACTGAGGAAGAGTTGCTGAGAAGACTACAGCAAACTAAAGAAGGCCCACCACTGCAAAACTCAGGTGAAAATAGAGGAGGAGACTCTTCAGATGATGTGTCTAATGGTGACTCTATAATAGACTGGCTTAACTCTGTCAGACAAACTGGAAATACAACAAGAAGTGGGCAAAGAGGAAACCAATCTTTAGAGATAAATGTTAACAGTAATAATGGGAGCCAAAATTCAGAGAATGAAAATGAGCCATCTGCAAGACGTTCTAGTGGAGAAAATGTGGAAAACAACAGCCAAAGGCAAGTGGAAAACCCACGATCTGAATCAACATCTGCAAGGCCATCTAGATCAGAACGAAATTCAACTGAAGCATTAACAGAAGTCCCACCTACCAGAGGTCGGGGAGGGCAAGAAGCAGGAGCCCAGACCGTGGGAGAGCCAGAGCAAGAGCTGAGAGAAGTAGGTCACCTCTGCATCCAATGAGTGAAATTCCACGAAGATCTCATCATAGTATCTCATCTCAGACTTTTGAACATCCTTTGGTAAATGAGATGGAGGGAAGTTCTAGAACCCGGCCCTGTGTGACATTGAGACAGCAAATATCTGGGCCTGAGTTGCTAAGTAGAGGTCTTTTTGCAGCTTCTGGAAAAAGAAATGCCTCTCAAGCAGCAGGTTCTTCAGACACAGCGGCCAATGGTGAATCTACAGGATCAGCACAGAGACCTCTAACCATAGTCCTTGATCTTCAAGTAAAAAGAGTTAGTCCTGGAGAATATCGGCAGAGAGATAGCATAGCCAGCAGAACTCGGTCTAGGTCTCAGAGGCCAAACAACACTATCACCTATGAAAGTGAGCGAGGAGGTTTCAGGCGTACGTTTTCACGTTCTGAGTGGGCAGGTGTGAGAACCTATGTCAGTAGCACCAGAATCCCCATTTGTAGAATCTTAAATACTGGTTTATGTGAGACTACATCTGTTGCAATTCAGACGATGTTAAGGCAGATAATGACAGGTTTTGGTGAGTTAAGCTATTTTATGTACAGTGATAGCGACTCAGAGCCTACTGGCTCAGTCCCAAATCAAAATATGGAAAGGGCAGAGTCACGGAGTGGAAGAGGGGGTTCTGGTGGTGGTAATagttctgGGTGGTGAAAGCTCAGAAACTAGCTCAGATTTATTTGAAGGCAGTAATGAAGGAAGCTTATCATCAGGCTCATCAGGTGCCAGGCGAGAGGGTCGACATACGGCCCCAGTCATATTTCATTAAAGTGGCTCTTTGCCCTTCCTAGCCTGGCTCAGTTTTCCTCTTAAATGAGGATGATGATGACCAACCTAGAGGACTCACTAAAGAACAGATTGACAACTTGGCAATGAGAAGTTTTGGTGAAAATGGTGCATTAAAAACCTGTAGTGTTTGCATTACAGAATATACAGAAAGCAACAAACTTCGTAAACTACCTTGTTCCCATGAGTACCATGTCCACTGACTGCATCGATCGCTGGTTATCTGAGAATTCTACCTGTCCTATTTGTCGCAGAGCAGTCTTAGCTTCTGGTAACAGAGAAAGTGTTGTGTAATTAAGATCTGAACTCTTAGCTATGTAGCTGATATAGTGATGGGCAAACAGGAATCACTTGCTTTTATGTCCACTTTTTGAGTGGTACTTAAATGTAAAGTAACAACCTGAATTGAGTCGTTGCTTTCTGAGGTAATCATTGTCCTTTCTCCAGTTTTTGTTCCAGAATAAAAGGAAATATTTTAAAAGCCACGTTTTAGGACATAAAAATCTGATTTCCATACCAGTTAAATTGGTAGCATCACTGTTACTGATAGTTTATCATATACACTTGTCAATTTTTCCTTTGTTATCTTAAAAGATCTGCCTTAGCAATGGCTCCTGTTTCATGTTGATCTTTAAATTTTCTCACGCCATACAGAGAGGGGTGAAGGAAATTACCAGTTTAGACTAAGTTACAGTATGTGTTTCATAAGTGATTAAAGCTATACCATTCCCAGTTATTAGCTGACACAAATTCAGCCACATTCTGAATATTTTTTGTTCACCTTTCAGACTTTGTAATACTGGACATGTCAGTGTAAATAACACTAAGGTTAGGATCTTCTAAGTGTATAACTGTCGCCTAAGCCCATCACTGTGGCACACTGTAGAGTGAGCTTATAGTTTGAGGTATTTATCTTGTGGAAATATTAAAAAGCCTATACCTGTGTAAGTGAAAAAAATCACATTCATTTGTTTAAAAATGTAAAGCTATTTTGTAGAGGCTCAGTACTTTTCCAATGCATTTTTTTCCAATGGATTGTTGTATGAATGCATTAAAAATTGTAAAGTACCATGCTTAGAACTAAGAAAACTGCTTTTTGTGAACCAACACAGTAACAAACACACCAAACAAAGTACAAAGCTGCTTTTGTAAGTGTGTAGATGTCAAGAGTAGAACATATCTATAAGATTTAATGTATGTGAACAGCTACTGTGACAGGCAAAGGAAACGACAGTGCAGAATCAAACTGTGTTGAAGACCAGTGGAAACTGCATAATTTAACTTGGATTTAGGCGGAAATGAAAGATGGGAGGAGTAAAGAAAACTGCTCTGAAGAATTTAAAGTTTTCCTGAAGACAGTAATAATGCAGACACAAACTGCTTTCATATCATGAGAGCAGCCACAGCAGCAGCTTGACCTGGTATTCTACCTGAGTAGATGAAGCAGAAGATCGGCAAGTTTGGCAGAGTTTTGGTTTAAGAAAAACAAACCACTACCACCTAGCACAAGTTAAATTGATGTTTTTACAAGTCTGCTCCTCAAAAATGAAAAGATGGACGAAAGAGACCATAAAACCACTTTTAGCATATGAATTGCAGTTGGTACACATGTGTGTGTTAATAGGAAAGTCTCGAATTTGTGTTGTTTTTGAGATTTGACATTTAAGGTACCAGTGCACACTTGATAATATTTCATTACTATCTCTAACACAGACCTAACATCTCGAATTTAAAGACCAGTTGAAGATTAAGGGATTTTTATCCTTTGTCGAAAGTGAGTCATGTTGGGTTATTTGAAATTCCAATTTTAATgTCAAATACTCTACAAAATAAGCAAGTCTGCTTTAGGAATTGTCTGGCTACCTTCACTGTTATCAGCTTAGCTGTAAAGCTTATTTCAAAGCTCACTCTTTCATGATTTCTCCTGGCTTTCAATCCTACCTAAGTATCACGGAAATTAACTTGTAAATATGGTAGTTGTTTACTAAGGATATGTACTGCTCTTGCAAGGGAATAATGTCCAAACAAAGCTTCACTTATTTTTTTTTTTTAATATAAGCAGATTTCACTTTTATGGCGCTAATGTAACACATTTTACCTTTTT

>NM_016120.4
GCAGTCGTTTCCTGTCGCTGCTTGGTAACAATGGGGAAGATAATGGCTGCCTGAGCAACGTCTCCGAGCAGGCGCTGGGCTAGAGGCGGGTCTCAACCAGCTACTCATTGGAGGCGGGCTTGAGAGCGGCGGCCAGGGAGGTGCGGAGCAGCCTCGGCGGCGGCGGCCGAACCAACCGAGTCGGATCCTGACCCTAAAACCTAGTATTTTCCACTTGTTCATCAATATGGAAAACTCAGATTCCAATGACAAAGGAAGTGGTGATCAGTCTGCAGCACAGCGCAGAAGTCAGATGGACCGATTGGATCGAGAAGAAGCTTTCTATCAATTTGTAAATAACCTGAGTGAAGAAGATTATAGGCTTATGAGAGATAACAATTTGCTAGGCACCCCAGGTGAAAGTACTGAGGAAGAGTTGCTGAGACGACTACAGCAAATTAAAGAAGGCCCACCACCGCAAAACTCAGATGAAAATAGAGGAGGAGACTCTTCAGATGATGTGTCTAATGGTGACTCTATAATAGACTGGCTTAACTCTGTCAGACAAACTGGAAATACAACAAGAAGTGGGCAAAGAGGAAACCAATCTTGGAGAGCAGTGAGTCGGACTAATCCAAACAGTGGTGATTTCAGATTCAGTTTAGAGATAAATGTTAACCGTAATAATGGGAGCCAAAATTCAGAGAATGAAAATGAGCCATCTGCAAGACGTTCTAGTGGAGAAAATGTGGAAAACAACAGCCAAAGGCAAGTGGAAAACCCACGATCTGAATCAACATCTGCAAGGCCATCTAGATCAGAACGAAATTCAACTGAAGCGTTAACAGAGGTCCCACCTACCAGAGGTCAGAGGAGGGCAAGAAGCAGGAGCCCAGACCATCGGAGAACCAGAGCAAGAGCTGAAAGAAGTAGGTCACCTCTGCATCCAATGAGTGAAATTCCACGAAGATCTCATCATAGTATCTCATCTCAGACTTTTGAACATCCTTTGGTAAATGAGACGGAGGGAAGTTCTAGAACCCGGCACCATGTGACATTGAGGCAGCAAATATCTGGGCCTGAGTTGCTAAGTAGAGGTCTTTTTGCAGCTTCTGGAACAAGAAATGCTTCTCAAGGAGCAGGTTCTTCAGACACAGCTGCCAGTGGTGAATCTACAGGATCAGGACAGAGACCTCCAACCATAGTCCTTGATCTTCAAGTAAGAAGAGTTCGTCCTGGAGAATATCGGCAGAGAGATAGCATAGCCAGCAGAACTCGGTCTAGGTCTCAGACACCAAACAACACTGTCACCTATGAAAGTGAACGAGGAGGTTTTAGGCGTACATTTTCACGTTCTGAGCGGGCAGGTGTGAGAACCTATGTCAGTACCATCAGAATTCCCATTCGTAGAATCTTAAATACTGGTTTAAGTGAGACTACATCTGTTGCAATTCAGACCATGTTAAGGCAGATAATGACAGGTTTTGGTGAGTTAAGCTATTTTATGTACAGTGATAGCGACTCAGAGCCTACTGGCTCAGTCTCAAATCGAAATATGGAAAGGGCAGAGTCACGGAGTGGAAGAGGAGGTTCTGGTGGTGGTAGTAGTTCTGgttccagttcgagttccagttccagttcgagttccagttccagttcaagttccagttccagtcctagttccagttccGGTGGTGAAAGTTCAGAAACTAGCTCAGATTTATTTGAAGGCAGTAATGAAGGAAGCTCATCATCAGGCTCATCAGGTGCCAGGCGAGAGGGTCGACATAGGGCCCCAGTCACATTTGATGAAAGTGGCTCTTTGCCCTTCCTTAGCCTGGCTCAGTTTTTCCTCTTAAATGAGGATGATGATGACCAACCTAGAGGACTCACCAAAGAACAGATTGACAACTTGGCAATGAGAAGTTTTGGTGAAAATGATGCATTAAAAACCTGTAGTGTTTGCATTACAGAATATACAGAAGGCAACAAACTTCGTAAACTACCTTGTTCCCATGAGTACCATGTCCACTGCATCGATCGCTGGTTATCTGAGAATTCTACCTGTCCTATTTGTCGCAGAGCAGTCTTAGCTTCTGGTAACAGAGAAAGTGTTGTGTAATTAAGATCTGAACTCTCAGCTATGTAGCTGATATAGTGATGGGCAAACAGGAATCACTTGCTTTTATGTCCACTTTTTGAGTGGTACTTAAATGTAAAGTAACAACCTGAATTGAGTCATTGCTTTCTGAAGGAATCATTGTCCTTTCTCCAGTTTTTGTTCCAGAATAAAAGGAAATATTTTAAAAGCCACGTTATAGGACCTAAAAATCTGATTTCCGTACCAGTTAAATTGGTAGCATCACTGTTACTGATAATTTATCATATACACTTGTCAATTTTTCCTTTGTTATCTTAAAAGATCTGCCTTAGCAATGGCTCCTTTTTCATGTTGATCTTTAAATTTTCCCACACCATAAGAGAGGAGCAAAGGAAATTACCAGTTTAGACTAAGTTACAGTATGTGTTTCATAAGTGATTAAAGCTATATCATTCCCAGTTATTAGTTAACACAAATTCAGCCACATTCTGAGTATTGTTTGTTCACCTTTCAGACTTGGTGATACTGGACATGTCAGTGTAAATAACACTAAGGTTAGGATCTTCTAAGTGTATAACTGTCTCCTAAGCCCATCACTGTGGCACACTGTAGAGTGAGCTTATAGTTTAATTGAGATATTTATCTTGTGGAAATATTAAAAAGCCTATGCTTGTGTAAGTGAAAAAAAATCACATTCATTTGTTTAAAAATGTAAAGCTATTTTGTAGAGGCTCAGTACTTTTCCAATGCACTGTTGTATGAATGCATTAAAAATTGTAAAGTACCATGCTTAGAACTGAGAAAACTGCTTTTTGTGAGCCAACATAGTAACAAACACACCAAACAAAGTACAAAGCTGCTTTTGTAAGTGTGTAGATGTCAAGAGCAGAACATATCTATAATATTTAATGTGTGAACAGCTACTGTGACATGCAAAGGAAAGGACAGTGCAGAATTAAACCGTGTTGAAGACCAGTGGAAATTGTATAATTTAACTTGGATTTAGGCAGGAAGTGAAATATGGGAGGAGTAAAGAAAACTGAAGAATTTAAAGTTTTCCTGAAGACAGTAATAATGCAGACACAAACTGGTTTCATATGGTGAGAGCAGCCACAGCAGCAGCTTGACCTGGTATTCTACCTGAGTAGATGAAGCAGAAGATCAGCAAGTTTGGCAGAGTTTTGGTTTAAGAAAAACAAACCACTACTACCTAGCACAAGTTAAATTTACAAGTCTGCTCCTCAAAAATGAAAAAATGGAGGAAAGAGACTATAAAACCACTTTTAGCATATGAATTGCAGTTGGTACACATGTGTGTGTTAATAGGAAAGTCTCGAATTTGTGTTGTTTTTGAGATTTGTCATTTAAGGTACCAGTGCACACTTGATCATATTTCATTACTATCTCTAACACAGTCCTAACATCTCAAATTTAAAGACCAGTTGAAGATTAAGGGATTTTTATCCTTTGTTGAAAGTCATGTTGGGTTATTTGAAATTCAAATTTTAATtgtgctgcccatatatgaaaatgagactgctgactcgctatctatggacatgcactttatgttggtttcttagtagtaagagtaacttcatgataaccccagtcttcttgcctaatttcttttttgagactagctggggttaggattagaatgactatggagcagatatttgttcttctgggaaaagctttaacaggccaaaatagggattgaacttgtccttggcctTTATCAAAGCAAGCTAGCTACCCAGACGTAGTCAAATACTCTACAAAATAAACAAGTCTGCTTTAGGAATTGTCTGGGTACCTTCACTGTTACCAACTTAGCTGTAAAGATTATTTCAAAGCTCACTCTTCCATGATTTCTTCTGGCTTTCAATCCTATCTAAGTATCAAGGAAATTAACTTGTAAATATGGTAGTTGTTTACTAAGGATATGTACTGCTCTTGCAAGGAAATAATGTCCAAACAAAGCTTCACTTATTTTTTTTAATATAAGCAGATTTCACTGTTTATGGCGCTTATGTAATACATTTTATCTTTTTAAAAATTTGTCCGTGTAAAAGTCAGGATTCCTTTATATTTGTGAGCCTCCTTTTCTCCTTTCCTAAGGATGTAATCTACAGTTTTCAGATCTGCAGGGTAGTCTTGATTGGCTAAAAACAAATCAATTTTCTTCTTGGCATAAAGTGTTTCATTATTATAGGGGTGTTCATTTTAAATAGTTTAAAAACAATTGCAGCACATTCTAAGCATAAGAGAAAGTTATTGACAACAGGTACCTTCCTAATCTCCCAAGACGTACTTACTCATTTGTGAAGTATTAAAGTAAGAGGTAACTCAAGCAGAATGCTGGCTATGAATGTAGATATTGAAGCTATTCATAAACACTGGAAATAGAATTTTAAGCTTTTAGCCTTCAGTGGAATGCACATATTGGACATGTGCATGTGAACACCTTTTTCAGTAGCACTCACGGATTTCCATTCGATTGTATAGAATGAATACAAGTGTTTTAGTGGAATTTGCTACTTAATTTTTAATCTTGCGATGTCCGTGATTATTACATGCTTACTAGTGTTGTGGACATTGAAGACAAGGTCATTCGTAGGTGTCAGATTACAATGGAGAACAAAAATCGTTTTCCCCCCACCCACATCCAAACACCATTCTCGAGGGAGCATTTCTTGCAAAACACCTTACATTTCATTTTCTATCTTTGCACTTTTTCTTAAGTACAGAAAAGTTGTCTTTAAGACCTAGTTTGAACTTCATGCAGTAAGAGGAACAAGGATAAACAATGTTGGGAGTTCACATTGTTCAGAGCATAAGGAAAAGTACCAAAACCCAAATTTTCTTGAATATTTCAGATGTTTTTAAAAACTCACTTCTAGTCTGAAACATTTGA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