RCPedia: Rtcs

Summary

Retrocopy Name	PAPOLAP2	Plot displaying the genomic locations of a retrocopy (in scaffold_m13_p_9) and its respective parental gene (in scaffold_m13_p_3). Each line represents a retrocopy.
Species	Rousettus aegyptiacus
Coordinates	scaffold_m13_p_9:19798016-19798524 UCSC
Strand	-
Parental Sequence	PAPOLA_x2
Parental seq. overlap	363 bp
Parental seq. overlap (%)	3.9%
Genomic Region	Intergenic
Retrocopy Summary	PAPOLAP2, located on scaffold_m13_p_9:19798016-19798524, is a retrocopy of the parental gene PAPOLA. Retrocopies of protein-coding genes, also known as processed pseudogenes, are intriguing genomic elements with implications in genome evolution and diseases. While some retrocopies are non-functional, there are examples of retrocopies (retrogenes) acquiring regulatory roles or exhibiting neofunctionalization unrelated to their parental genes.

Parental Gene

Gene Name	PAPOLA
Full Name	N/A
Also known as	NULL
Coordinate	scaffold_m13_p_3:168089172-168151866
Strand	+
Gene summary	N/A

Homology

Species	Scientific Name	Retrocopy
Human	Homo sapiens	PAPOLAP1
Chimpanzee	Pan troglodytes	PAPOLAP2
Bonobo	Pan paniscus	PAPOLAP2
Gorilla	Gorilla gorilla	PAPOLAP2
Orangutan	Pongo abelii	PAPOLAP1
Gibbon	Nomascus leucogenys	PAPOLAP2
Green monkey	Chlorocebus sabaeus	PAPOLAP2
Crab-eating macaque	Macaca fascicularis	PAPOLAP2
Rhesus	Macaca mulatta	PAPOLAP2
Golden snub-nosed monkey	Rhinopithecus roxellana	PAPOLAP2
Mouse lemur	Microcebus murinus	PAPOLAP2
Pig	Sus scrofa	PAPOLAP1
Cow	Bos taurus	PAPOLAP1
Sheep	Ovis aries	PAPOLAP1
Dolphin	Tursiops truncatus	PAPOLAP4
Horse	Equus caballus	PAPOLAP2
Dog	Canis familiaris	PAPOLAP2
Panda	Ailuropoda melanoleuca	PAPOLAP2
Sloth	Choloepus didactylus	PAPOLAP16
Baboon	Papio anubis	Without Homology
Marmoset	Callithrix jacchus	Without Homology
Mouse	Mus musculus	Without Homology
Rat	Rattus norvegicus	Without Homology
Chinese hamster	Cricetulus griseus	Without Homology
Rabbit	Oryctolagus cuniculus	Without Homology
Cat	Felis catus	Without Homology
Pale spear-nosed bat	Phyllostomus discolor	Without Homology
Velvety free-tailed bat	Molossus molossus	Without Homology
Greater mouse-eared bat	Myotis myotis	Without Homology
Kuhl's pipistrelle	Pipistrellus kuhlii	Without Homology
Greater horseshoe bat	Rhinolophus ferrumequinum	Without Homology
Tasmanian Devil	Sarcophilus harrisii	Without Homology
Opossum	Monodelphis domestica	Without Homology
Platypus	Ornithorhynchus anatinus	Without Homology
Chicken	Gallus gallus	Without Homology
Turkey	Meleagris gallopavo	Without Homology
Zebra Finch	Taeniopygia guttata	Without Homology
Budgerigar	Melopsittacus undulatus	Without Homology
Painted Turtle	Chrysemys picta	Without Homology
Lizard	Anolis Carolinensis	Without Homology
Frog	Xenopus tropicalis	Without Homology
Zebrafish	Danio rerio	Without Homology
Drosophila	Drosophila melanogaster	Without Homology

Expression

Related Sequence

>PAPOLAP2
TGCCACACAGCCAACCATTTCTCCACTACCAAAGTCTACAGTTTCTAGAGTCCATTCTTCAATATGTCTGGTAAGCCAACCACCTAGACCTTCAGGTAATGTAGCAACAAAATTATCTAATCCTACAGTAGGAGTGAAGAAAACATCCTCACCTCATAAAGAAGAGCATCCCAAGAAAAATGAAAAAAGAAGAGAATAAAACAAGTGAAGATGCTAATGGGCTTTTTTATTCAGTGGGCATTCAAAACCAAAAATAAAGAAAGAACTTTATATAAAGGAAAATACAATTCAACTAGAAACTATGGGGCTTCGCTGTTGGGCTCTCAGAAAACATCTAGTGAAGACCTTTCCAATATCCCTGGTCTCCCTGAAAATCCTATTTCCATTATTAAGGACGCAATAAAACTGAGATTTAACTGGTCAAAATAACTTCAGTTGTTCATAAACAATACCTGCCAACTCAACCTGTTATCATCAAATGCTAAAAAAGGTGAATAGAGTGTACAAGG

>PAPOLA_x2
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>PAPOLA_x2 

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